由于潘岳的杰出才能，1993年他被调任中国青少年研究中心主任，开始了针对青年思想状态的调查和研究工作。
1993年5月，潘岳主办“大学生分配与社会就业”研讨会。就现存弊端及对策提出了诸多见解，引起媒体的较大关注，反响强烈。
1993年7月，主办“农村剩余劳动力与民工潮”大型研讨会。这是中国首次就这一问题做出系统分析，并提出了一系列适应中国国情的解决对策，其成果至今仍然被有关部门引用。
1993年8月，主办“国防教育与青年参与”大型研讨会。军队战略专家首次与地方有关部门领导、学者、青年就如何正确理解国防、增强国防意识作了深入调研。这次活动发出问卷5000份，成为当时国防教育的一大事件。
1994年9月，主办“走向21世纪的青年素质”研讨会。众多官员、学者参加，影响较大。
潘岳对中国的观察和思考并不局限于召开各类研讨会。为了真正了解中国的思想脉动，了解中国青年对于中国和世界的真实看法，1993年7月，潘岳主持策划了后来被国际社会广泛关注的中国首次最具权威、最大规模的政治性问卷调查。这次调查历时一年，形成了“1994年中国青年政治心态和社会发展趋势研究报告”，其中的数据和结论，成为海内外报刊和各大国研究中国青年动态的权威性资料。
这一次调查的结果，在后来风行一时的两本政治类畅销书《第三只眼睛看中国》和《中国可以说不》所折射的强大民意信号中得到了印证，这两本书都曾令海内外一片哗然，前者代表了中国精英青年的主流思想，而后者则代表了中国底层青年的基本情绪。
此外，潘岳于1994年11月主持了“首都青年记者希望行”大型采访调研活动。北京30多家新闻单位的100位记者，行程8000多公里，分赴中国贫困省区，就少年儿童失学情况及“希望工程”救助款项的落实情况进行了全面细致的采访、调查，在海内外引起的巨大反响，极大推动了“希望工程”的良性运行。
正是经过上述活动，潘岳以极快的速度扭转了青少年研究中心的困难局面，使之成为全国较知名的学术机构和团中央的先进单位之一。