批判李秀成运动方兴未艾，波及社会各阶层的“四清”又成燎原之势。这场自1962年底开始的、由中国农村逐步推开的政治运动，最初的口号是“清工分，清账目，清财物，清仓库”，后来扩大为“大四清”，即“清查历史、清查思想、清查政治、清查经济”运动。又名“社会主义教育运动”。在清查中，斗争对象由农村和城市的贪污腐败分子，逐渐出现带有个人恩怨和严重政治倾向的阶级斗争，重点集训、戴钢盔、立罚规、搜查、批斗、群殴等现象开始大规模出现——这是全面混乱的十年“文革”的前奏。
在这一声势浩大的运动中，曾在学术界红极一时，不可一世的红色巨头杨献珍、孙冶方、翦伯赞、罗尔纲等辈，遭到公开点名并被当权得势者提着脖子拎出来大加批判。曾昭燏虽在此前的几场运动中侥幸躲了过去，但当运动来临时，感到了一种更加剧烈的痛苦、迷惘与恐惧。按照“四查”的行动原则，曾照燏除了自信经济上无问题可查，“历史问题”则无话可说。曾氏家族被定为“反革命历史家庭”已是铁板钉钉，且这个钉子还是拐了弯的铁案。而在思想、政治上，曾氏始终认为这是悬在自己头上的一把利剑，时刻有落下并刺向自己头颅的可能，必须拼尽全力来应付这场对自己凶多吉少的风浪。此时曾昭燏的身体已大不如前，明显消瘦无力，无精打采。这年3月，曾昭燏在巨大的压力下导致精神崩溃，患上了忧郁症，不得不入住南京丁山疗养院接受医治。
1964年12月初，第三届全国人民代表大会即将召开，当曾昭燏躺在病床上收到烫金的代表证书时，先是目光呆滞，毫无表情，而后潸然泪下。送证书者一看对方精神状态处于崩溃的边缘，遂好言相慰，令其放下一切思想包袱与生活烦忧，勇敢、理性、热情地投入伟大的“四清”运动中来，展开双臂拥抱火热的社会主义新生活云云。面对风雨共济几十年的老同事那充满善意和真诚的目光，曾昭燏凄然地说：“别再宽慰吧，我不行了！”
此时曾昭燏的心境如同曾国藩晚年“心力交瘁，但求速死”的诅咒，她心如死灰，感到活着已了无生趣，对生命的最后一点留恋随风飘散。十几天之后的12月22日，曾昭燏主动提出要用南京博物院的小轿车送为她治疗的医生回家。当送回医生后，她对司机淡淡地说：“去灵谷寺吧，我想散散心。”司机会意，驾车向灵谷寺驶去。
灵谷寺位于南京中山陵东，最早修建在紫金山独龙阜，是紫金山风景最胜之区，原名开善寺，乃南朝梁天监十三年（514）梁武帝萧衍为葬其师宝志和尚所建。寺内葬有名僧宝志和尚遗骨，造有志公塔，唐代更名宝公禅院，南唐改称开善道场，北宋称太平兴国寺，明初改名蒋山寺。明洪武十四年（1318），明太祖朱元璋决定在独龙阜建明孝陵，遂将寺与塔迁移于后来的中山陵附近，并改名灵谷寺。当时的灵谷寺规模庞大，占地500余亩，山门上书“天下第一禅林”，后寺院毁于兵燹，仅存无梁殿。清同治六年（1867）两江总督曾国藩在原址上修建“龙王庙”，成为民众祈雨之地。1931年，国民政府在原寺址始建国民革命军阵亡将士公墓，1935年建成，在公墓的中央安葬了1932年“一·二八”淞沪抗战中阵亡的128名将士的遗骸，其中有威名赫赫的十九路军70名，第五军与宪兵团58人，这些名字作为中国国民党军人顽强精神的象征，受到社会各界的瞻仰纪念。新中国成立后，此处改名为灵谷公园，但习惯上仍称灵谷寺。寺内有一标志性景点灵谷塔，塔高66米，九层八面，底层直径14米，顶层直径9米，为花岗石和钢筋混凝土混合结构。1933年建成，当时称阵亡将士纪念塔，俗称九层塔。塔内有螺旋式台阶绕中心石柱而上，计252级，每层均以蓝色琉璃瓦披檐，塔外是一圈走廊，廊沿有石栏围护，供游人凭栏远眺。塔上有蒋介石亲笔手书“精忠报国”四字，以及蒋介石所撰“黄埔军校第一至六期同学录、序”各一篇，分别由戴季陶、张静江等国民党元老书丹。
曾昭燏乘坐的小轿车悄然停在了灵谷寺前，她把一包苹果送到司机怀中，轻轻地说：“请你吃着，等我一会儿。”说毕打开车门，匆匆向灵谷塔走去。在塔下茶室，曾氏逗留沉思，又拿出笔在一个小字条上写着什么，写毕将纸条装进大衣口袋。在外面等候的司机似乎感到了一点不祥气息，急忙弃车走进茶室，曾昭燏表情木然，把大衣脱下交给司机，让其在此稍候，自己要到塔上散心，言毕即登上塔梯向上攀缘。十几分钟后，外面游客忽见高耸的灵谷塔上，一个身影凌空一跃，如同天空一朵瑰丽的彩云飘然而下，悠忽间落入枯草丛生的石阶，鲜血喷溅处，枯草被染成殷红——一代女杰与世长辞。
据有关部门派来的验尸者说，曾氏是从灵谷塔第七层跳下，属自杀身亡。后在其交于司机的上衣口袋里发现一个小字条，上写“我的死，与司机无关”。
由于记载曾昭燏生命轨迹，特别是1949年之后的第一手材料，因复杂的历史原因未能公布，不免让外界对曾氏的死因产生种种猜测甚至妄言。
当时任南京博物院办公室秘书的梁白泉回忆说：“曾昭燏跳楼之前，曾投到邮筒一封信给我，她死后，全院被有关部门封锁，这封信落到了省委统战部有关人士手中，上面写的什么内容，我现在仍一无所知。”
据梁氏推测分析，曾昭燏的自杀，除无休止的政治运动牵涉曾氏家族与她本人，使她整日战战兢兢，如履薄冰，造成巨大心理压力，还有下面几件典型事例，也是导致她最后走向毁灭道路的深层原因：
一、新中国成立初期，地主阶级被打倒掀翻，除了被押赴刑场或枪决，或乱棍打死、乱刀砍死外，其罪小恶少的地主家属如老人与“狗崽子”外加“狗腿子”等大多被扫地出门，流落街头。湖南湘乡荷叶塘曾家一个老年“狗腿子”——头戴瓜皮帽、眼戴老花镜的账房先生，在被扫地出门后因一时生活无着，于五十年代早期辗转来到南京求助于曾昭燏。当年在家乡生活的曾大小姐，是在账房先生的尊崇与爱抚下一天天长大成人的，二者自有非同寻常的感情。尽管事隔多年，面对故人求助，曾昭燏毫不犹豫地接待了他，并做了力所能及的招待和救济。大约与这位账房先生在南京见面的某个夜晚，二人谈到了湘乡荷叶塘曾氏家族的情况，以及在新形势下面临的险恶处境。出于一种自保、自救的心理，曾昭燏把一直压在她箱底秘不示人的湘乡曾氏家族（南按：或许只是曾国潢一支）的地契、房契等被中共认为“变天账”的证据，全部秘密烧毁。后来随着“精神洗澡”不断深入，曾氏猛然顿悟，认为当时应该把曾家的“变天账”全部无条件地交给“组织”，不应由自己悄悄烧毁，立感这是自己所做的一件对党对人民不可饶恕的罪行，遂产生了悔恨、责己之心，精神压力骤然加大。
梁白泉的说法得到了书面材料的支撑。曾昭燏在向组织提交的“供词”中，在谈到“我的童年”一段时说：“在我满六岁的时候，母亲即从衡阳请了一位贫寒的读书人来做我们（那时我还有位姐姐在世）的老师，此人名曾筱屏，从辈分算，是我们的叔父。”另据曾昭楣回忆说：“族叔筱屏老师从姐［昭燏、昭懿］教起（长沙两兄另从一师），至我读书，整整在我家教了十八年。姐学得最精，诗词歌赋，无所不能。后人艺芳攻读六年，学行俱佳。”1920年，曾昭承与昭抡兄弟皆在国外留学，而这一年天下大乱，土匪活动猖獗，曾昭燏全家整日生活在恐吓之中。曾昭燏回忆说：“我们不敢在家里住，总是这个佃户家住一晌，那个佃户家住一晌，回到家里来，也是偷偷摸摸的，晚上读书，点灯的时候，要把窗户全遮了，怕外面看见，夜里不敢在正房里睡，躲到书楼上去睡，我们孩子们还把砖砌成一个个的空洞，准备土匪来的时候躲进去。有几次听见门外响动，竟从床上爬起来，往菜园里跑，准备越墙逃走。这种恐怖的生活，使我对于这个古老的家庭，老是怀着一种阴森忧郁的感觉。”
就是在这样的乱世中，有一天，曾家被一股强悍的土匪抢劫，曾昭燏的祖父与父亲等人皆遭土匪绑票，曾家陷入混乱。筱屏师除了负责曾氏子弟读书。还四处奔波求助曾家的亲朋好友，设法营救被绑去的主人。主人被救回后，筱屏师兼任曾家的账房。1925年，曾昭燏祖父曾纪梁去世，“家中的气氛一片悲哀”。曾氏姐妹每日与业师曾筱屏一起在书楼上埋首读书。有一天，曾昭燏的大妹曾昭懿因躲在黑暗的书楼上读书，不慎从楼上坠落，把手腕跌断，医治甚久方愈。接连的痛苦折磨，和“忧郁的环境”，使得曾昭燏不愿再待下去，她与母亲反复商量，恳求离开这里，加上二位哥哥的支持，母亲终于“无可奈何地答应了”。1948年4月，筱屏师辞去教职兼账房职务，告老还乡，曾家给了这位业师一份抚恤金与妥当安排，使其能安度晚年。令曾家和这位筱屏师意想不到的是，一年之后，随着曾国藩成为地主阶级的代表和“镇压太平天国的汉奸、刽子手”的定性，这位塾师自然成了地主阶级和汉奸刽子手的孝子贤孙，受到当地政府的镇压与控制，最后被驱出家门，流浪街头。正是在这样一种政治、生活背景下，筱屏师一路流浪来到了南京博物院找到了他一手拉扯成人的曾大小姐昭燏。而此时的曾院长一见业师如此落魄狼狈，自是百感交集，泪眼婆娑，领回家中热情招待，一切都不在话下。
此处有个至关重要的情节，就是梁白泉说的这位账房先生把他掌握的曾家的地契或者还有其他家产账目交给了曾昭燏。这些东西在“打土豪，分田地”之后的新政权严密控制下再度浮出现世。对曾昭燏产生的心灵震撼和惊恐是不言而喻的。也正是这种突然而至的恐惧，使曾昭燏在两难的抉择中选择了一种在当时看来明智的做法——一把火烧掉。只是智者千虑必有一失，历史的诡吊处在于，那位筱屏师没有在烧掉之后当场死去，使此事做到死无对证，而是活着回到了原籍。如此这般，事情变得严重起来。随着政治形势越来越紧，一个个运动不断展开与升级，已回到湖南老家受到监控和镇压的账房先生，如果经不住世道人心的诱惑或铜头腰带抽打的折磨，被迫泄露天机，并供出与曾氏合谋销毁了地主头子的“变天账”，后果不堪设想。一旦追查起来，曾昭燏无疑是对党和社会主义新中国的背叛，以“现行反革命分子”罪行论处自是必然，或革职查办、批斗，或蹲几十年深牢大狱。——这种彻入骨髓的恐惧，随着时间的延迟和政治环境的恶化越来越重，成为导致曾氏神经崩溃的一个重要原因之一。
二、1946年10月，中央研究院史语所与教育部在南京联合举办了一个展览，内部传说是专为蒋介石祝寿。当时参展的教育部只是个名义，具体承办者是隶属于教育部的中央博物院筹备处，作为总干事的曾昭燏自然成为具体的操作者。为此，曾氏主持了展品的选择，并对展品的设计作了具体指导。开幕那天，曾昭燏以主持者的身份接待了蒋介石、宋美龄夫妇，以及美国驻华特使马歇尔与太太凯瑟琳等高官显贵。这段历史，曾昭燏在1951年的“供状”中曾向“组织”作过坦白交代：
一九四六年十月，我同博物院许多人员复员到南京，中央研究院史语所与伪教育部联合举办了个文物展览会（据说为替蒋介石祝寿而办的，不过外面一点没有表示出来），找我去临时帮忙，当蒋介石与宋美龄陪着马歇尔夫妇来参观的时候，我还去招待了他们，特别是马歇尔太太……蒋介石一行参观时有大批中外记者随行，并有大量照片发表于报刊，这个事实曾昭燏自是心知肚明，硬抹是抹不掉的，只有根据中共“坦白从宽，抗拒从严”的口号加铁律，战战兢兢，如履薄冰地试探着招供。但从这几句短短的“供词”中可以看出，曾昭燏确实算得上是个聪明的女人，她快速蹚过蒋宋这对“战犯夫妻”与马歇尔这个“美帝国主义走狗”等潜伏着凶险暗流的联合板块，接着滑向马歇尔夫人一边，并以“特别”二字抱住了这位黄发碧眼的凯瑟琳女士。曾昭燏知道，在薄如白纸的光滑冰面上，夹在几位权要显贵之间的凯瑟琳夫人离中国的政治最远，脚下的冰层最厚，身处政治危机中的曾昭燏在不能撇清或抹掉这段历史事实的处境中，这个“供词”着力点是明智的。然而，与蒋介石的瓜葛并未到此结束。1948年5月29日至6月8日，中央博物院筹备处与故宫博物院南京分院在中山门新落成的陈列厅联合举办展览会。中博方面奉献的展品有商周铜器，汉代文物，历代帝后像及中国西南及南部民族文物，以及印度名画。其中，最令人瞩目的是安阳殷墟出土的著名的司母戊大方鼎。此鼎由安阳小屯村附近农民在抗战期间于地下商代陵墓中盗掘而出，后落入驻豫北国民党第三十一集团军总司令王仲廉之手。1946年蒋介石六十岁寿诞时（虚岁），王仲廉敬献此鼎作为寿礼，蒋把这件礼物批转给中央博物院筹备处收藏保管（南按：国民党败退时，曾打算把此鼎运台，但终因体大沉重被弃之机场而作罢）。当展览会开幕时，蒋介石受邀前往出席典礼，顺便参观了展品。在参观中，曾昭燏作为中博筹备处的总干事和联合展览的主持人之一，为蒋介石一行进行了导游 和讲解。蒋氏这一次显得特别高兴，待兴致勃勃观毕，特别在大厅内率群僚与主办方负责人合影留念——这是曾昭燏一生中唯一一次与蒋公的正式合影。但到了江山易主，政权更迭之后，曾氏意识到当年与“蒋贼介石”那张合影很可能成为自己反党反人民。拥护蒋家王朝的“罪证”，而要全面销毁已不可能，遂惶惶不可终日，惊悚而不能安寝。
三、曾昭燏当上南京博物院院长后不久，深感江浙画家在明清画坛上的重要地位，而当年的中央博物院筹备处自成立之初，就特别注重这一方面的收集并有重大收获。只是在新中国即将成立之际，包括闻名于世的《历代帝后像》、《唐明皇幸蜀图》等约3万件一流藏品皆被国民党运往台湾，所剩无几且档次较低。在道统上承续中央博物院筹备处衣钵的南京博物院，仍打着以历史与艺术收藏、研究、展出为主体的招牌，若要做到名副其实，除了田野考古发掘所获出土文物，另一个侧重点必须主动到社会上征集书画作品，以充实馆藏和展出。在这一思想指导下，自1950年始，曾昭燏率领同事为此奔波，取得了极其理想的效果。至1960年短短的十年时间，南京博物院征集的书画达到了一万余件，明清以来的“吴门画派”、“扬州八怪”、“金陵八家”、“海上画派”等作品皆有斩获，其中不乏如阎次平《四季牧牛图》、夏珪《灞桥风雪图》等珍品。后经国家文物局组织专家鉴定，其品级位列全国第三，仅次于北京故宫与上海博物馆。
就在书画征集的过程中，出现了一个意外插曲。时任江苏省文化局副局长的郑山尊（南按：到过延安并聆听毛泽东在延安文艺座谈会上的讲话）有一位叫庞增和的亲戚，庞是著名海内外知名大收藏家庞莱臣（虚斋）之孙，在苏州继承了家族遗留的大量书画文物。郑氏出于爱国热忱，在征得省委宣传部同意后，动员庞氏把祖上留下的这批珍贵文物捐赠给南京博物院。庞为之所动，遂专门挑选了137件自宋至清各个时代的代表作品，如宋徽宗赵佶的《鸲鹆图》、黄公望的《富春大岭图》、吴镇的《松泉图》、倪云林的《丛篁竹石图》等国宝级文物捐献给南京博物院。庞增和捐献的这批“虚斋”藏画，正如文物专家赵启斌所言：“无论就学术意义还是文物价值，确实非同一般。这批藏品对于南京博物院展开学术研究，起到了巨大的支撑作用，也为南京博物院的学术繁荣作出了特殊贡献。”尽管有如此了不起的价值和意义，但庞增和不图一分钱之利，主动谢绝了南京博物院本该奖励给自己的两千元现金。主持接收这批书画的曾昭燏面对庞氏的义举，深感过意不去，便用这笔钱对庞增和做了一次高规格款待，即在南京某有名的餐馆好吃好喝了一顿，而后又为已故的收藏家庞虚斋做冥寿，刻有砚台一方送庞家做纪念等。当政治运动到来时，有人提及此事，认为曾昭燏大吃大喝并搞资产阶级腐朽迷信，曾氏对此事无法辩解和说得清楚，内心的痛苦进一步加重。
四、1964年，毛泽东明确提出城市“五反”，农村“四清”，并向各地派驻工作队。
这个运动原来与洁身自好、终生爱惜羽毛的曾昭燏沾不上边，却触动了她一块心病。其病源是：1954年，曾昭燏主持山东沂南画像石墓发掘过程中，与山东博物馆派出协助的文物专家台立业、蒋宝庚建立了友谊。蒋、台二人年轻气盛，工作时经常调侃。不谙世事的台立业自称“姓台湾的台”，蒋宝庚则自称“姓蒋介石的蒋”。当“反右”风暴一来，台、蒋二人便被作为人民公敌“台湾老蒋”的孝子贤孙打成右派分子。因“老蒋”的姓氏比“台湾”地名响亮得多，罪过也就严重得多，台立业仍在博物馆接受群众监督改造，而蒋宝庚被打成“极右”，停薪停职，发配到一个偏远农村劳动改造，家人全部随往。未久，令人谈之色变的“三年自然灾害”到来，蒋宝庚一家生活陷入困顿，全家人几欲饿死。走投无路中，蒋宝庚便偷偷写了一信向曾昭燏求援。面对昔日的同志，今日的“反动分子”，曾昭燏思虑了许久，最后还是冒着极大的政治风险匿名给这位落难的“老蒋”邮寄了30元钱。
乐善好施本是有家教学养的中国女性一种美德和高贵品性，但在当时以阶级斗争为纲的政治风浪下，却是一种极大的冒险行动。尽管“老蒋”心知肚明，没有吭声，几年来南京博物院也没有什么风声传出，但曾昭燏一直放心不下，当“四清”运动来临时，曾氏心中打起鼓来。因为双方不能通信通电言明此事，曾氏对“老蒋”的情况无所知晓，更增加了几分神秘和恐怖。假如这位憨直的大嘴“老蒋”把不住门，或在劳动改造中突然提高了政治觉悟，决定“反水”立功，把30元钱的旧事掀动出来，曾昭燏无疑成为引火烧身、站在党和人民对立面的反动分子，后果不可想象。
五、与“四清”紧密相连的是针对城市的“五反”，其中一个重点是在城市划分阶级成分，江苏为中央确定的试点省，关系重大。曾昭燏深知自己的家庭背景，无论如何表现和撇清，这个“五反”与自己是脱不了干系的。而恰在这个时候“已经有人开始对她在运到台湾南迁文物中的责任，开始清算”。因而，当江苏省的“五反”开始不久，曾昭燏便认为大限将至，精神高度紧张，直至精神全面崩溃。当她闻讯自己被选为全国人大代表时，不但没有解脱，反而压力加重，认为自己身心沾满了污泥浊水，不配做“人民代表”。当时梁白泉奉命每周一次到丁山疗养院去看望曾昭燏一次，并带去相关信息。梁白泉看到，“此时她一脸木然，眼光呆滞，并没有要去北京开会的意思”。在深深的自责与恐惧中，痛苦至极的曾昭燏最终决定远离红尘滚滚的三千大千世界，孤身一人驾鹤西去。
曾昭燏于灵谷塔上纵身一跳，不禁令人想起了王国维颐和园的自沉，想起了“五十之年，只欠一死”的悲怆遗言，想起了陈寅恪那“凡一种文化值衰落之时，为此文化所化之人，必感苦痛……殆非出于自杀无以求一己之心安而义尽也”的精辟宏论，同时又让人想到屈原在汨罗江的自沉。此前，曾氏为其师胡小石所撰的墓志中，特地点出他生平所最致力的三大领域，即古文字之学、书学和楚辞之学，这也是曾昭燏得益最多的三个方面。楚辞之学对于出生于楚地的曾昭燏来说，自有一种特别的感情，曾家老母亲对包括她和曾昭抡在内的七个子女都教读过屈原的作品，曾昭燏后来还写过《读楚辞》九首之类的诗作，如“哀吾生之无乐兮，幽独处乎山中，吾不能变心以从俗兮，固将愁苦而终穷”。屈原不能变心从俗，但二千年后的曾昭燏却能，晚年居住于南京且与曾氏有往来的世家子弟陈方恪也能。如陈方恪就曾说过，“人不可俗，但也不能不随俗”，陈氏所指的“俗”，可认为是社会风气和政治形势。青少年时代风流成性，整日在脂粉中徜徉磨蹭的花花公子陈方恪，与他的兄长陈寅恪在性情、处事等诸方面可谓大异。新中国成立后，陈方恪经过不断的“精神洗澡”，思想忽于一夜之间发生了突变，陈的一位同事后来说：陈方恪“能在党领导的期刊编辑部处理文史稿件，与党内同志相处融洽，从无间言。学习时政，三言两语，颇得要领。真是‘日对千宾，不犯一讳’，对世道人心皆有把握，处世圆滑娴熟得已是炉火纯青，寅恪与方恪兄弟二人的巨大差异，真让人有龙生九子，各有不同之浩慨。”
曾昭燏经过“洗澡”后，基本上也按这个路数走了下来，她在当时的南京学术界颇受尊重。因一直未婚，孤身一人在博物院生活，外间俗事少有牵挂，特别敬业，几乎把全部精力都投入工作中。五十年代早期，她的办公桌旁挂有一张蔡元培的照片和一幅毛公鼎拓片，蔡元培是其精神领袖，毛公鼎拓片则是她追求事业的象征，也是她理想生活的全部内容。随着思想“洗澡”不断深入和各种运动风起云涌，蔡元培的画像已作为资产阶级的代理人，并与胡适同流合污的侏儒丑八之类的人物被她悄悄扯下销毁，代之以伟大领袖毛主席挥动手臂的巨幅肖像来指引她的精神航向了。在这一系列无休止的洗心革面，痛改前非的“一日三省”中，曾氏的精神始终处于高度紧张状态，一旦出现一点疏忽或差错，就痛心疾首，不能自制，终致走向精神分裂与崩溃，直至像她的先辈曾国藩晚年所发出的“身力交瘁，但求速死”的绝望悲鸣一样，以速求一死的方式谋得解脱。——这便是一代杰出的女性考古学家、博物馆学家、古文字学家死亡的几个主要脉络。
当然，历史是复杂的，许多隐秘往往埋藏于历史深处而被人忽略，除了曾昭燏在新的政权之下由于家族关系和个人思想观点而深感自责，以及在多波次政治运动中被迫在刀刃上起舞旋转而产生的恐慌惧惊，还有一个不可忽视的症结，就是曾昭燏蛰伏在内心深处的孤独、孤傲、孤愤和耿介刚烈的性格，这种性格与以蛮霸著称的湖南人脉管里流淌的血液有关，也与她长期独身有一定关联，即通常所说的“老姑娘症”是也。对于此点，与曾氏相识的博物馆学家陈晶曾专门问及抗战中在李庄的王世襄和罗哲文二人对曾昭燏的印象，罗说“她很有学问，也谦虚。那时我年轻，她很关心我，教过我外文，辅导我工作。她自尊心很强，你对她好，她也会对你好得不得了，若对她不好，就不高兴”。而王世襄的评价与罗似有差距，王说：“在李庄时常见，她留学德国（按：为留学英国之误，但确在德国柏林国家博物馆参加过考古实习），跟李济、傅斯年先生工作，很傲慢的样子。也经常到营造学社去，但没有多大接触。”
从上述回忆可以看出，曾昭燏对王氏这位燕大毕业的土包子学者的不屑，也见出王世襄并没有把这位“海龟”女学者太放在眼里。文人相轻，自古已然，于是有人公开批评曾氏性格刚烈，说她“孤傲、严肃、不易亲近，没有亲和力”。对此，早年曾受曾昭燏指导的曾宪洛同学许复超说：“先生是即之冷静理智的学者，也是心如炽火耿介的性情中人。在别人可以不以为意的言语、气色，在先生很可能无法释之、置之。这是先生的性格使然，也是贤者难为的短处。”
许氏的评价应是公允的。或许正是这样的性格，才有了在她殒命之前偶尔露峥嵘的一幕。一次，曾昭燏以政协委员的身份参加了省里组织的一个民主党派座谈务虚会。会上，众人附和主持者的说法道：“形势不是小好，是大好。”交头接耳中，曾昭燏突然站起身大声说道：“我看你们都是佞臣！”众人大惊，立即哑然无声。待缓过神来，群起反攻，疾言厉色地质问曾：“我们怎么是佞臣？”曾昭燏似感到自己过于激动，也知道此举戳了马蜂窝，遂转身离开了会场。这个看似偶然的事件，除了曾氏骨子里暗含的一种对当政者的不服气和阿谀奉迎者的厌恶，也是她长期精神压抑之后真情的流露和爆发。
或许，从这个时候起，曾昭燏开始反思她的人生历程，以及江山易主时自己抉择的得失。因这一时期的日记一直藏于曾氏后人家中未能公布，思想流变与具体的言辞不得而知，但从曾氏自作的文章中可以发现一个特别值得重视的细节，即她在自杀前曾写过一篇《我也来谈谈＜桃花扇＞的结尾问题》的戏剧评论。在这篇评论中，曾昭燏谓孔尚任所创作的，对剧中人物，特别是侯朝宗、李香君两个男女主角的褒贬，是合乎历史事实和恰当的。但这出戏经欧阳予倩改为话剧后，人物形象遭到扭曲，特别是结尾写侯朝宗赴清朝的乡试，中了副榜，为李香君所唾弃一幕，与孔氏原剧大不相同且离谱太远。对此，曾昭燏直言不讳地指出：当看到戏剧结尾处，侯朝宗穿着清朝衣冠出场，那种卑鄙的样子，总令人心中感到不爽，觉得实在是有点委屈了侯朝宗，甚或是一种人格侮辱。按曾昭燏对历史史实和人物背景、身份的把握，侯朝宗在入清以后是被迫应乡试的，侯的应试策已刊布于世，内中很少阿谀逢迎、希图得到新朝恩宠的言辞，只是对当时政治经济上一些问题提出意见和建议，而对顺治皇帝入关后贵族官僚弄权枉法，指斥颇为切直。面对侯的试策和其他遗留的材料，曾昭燏认为：“推侯之意，这时满洲人统治中国，已成定局，要推翻已不可能，自己既已应试，爽性进些直言，希望新朝政治修明一点，老百姓少受点苦。至于自己，本无意功名，中与不中，在所不计。当然，假如侯朝宗当日竟高掇巍科，则很有可能他从此投身仕途，不顾名节。可是他的直言，触怒了有关的人。于是给他一个副榜，以损害他的才名。侯朝宗受此侮辱，心中自然更加痛苦，不久就跑到南方去了。”又说：“侯朝宗应试，到底非出于本心，应试后心中痛苦，越三年而死，与甘心投敌者不同。孔尚任在剧的末尾，写皂隶访拿山林隐逸，就暗暗点出当时一些隐居的人的出山是出于不得已，在他的心中，侯朝宗是属于此类的。至于借皂隶之口，说‘那些文人名士，都是识时务的俊杰，从三年前俱已出山了’，鞭挞的是钱牧斋之流，侯朝宗不在其列。”
曾昭燏是很少写戏剧评论的，这是目前发现的唯一的一篇，可见她是有意而为之。在叙述侯朝宗内心痛苦与不得已而“出山”，最后郁愤而死的悲惨结局时，曾昭燏是否想到了自己的命运？映射自己在改朝换代的新时代隐逸山林而不得，被迫“出山”的无奈？而戏评中把侯朝宗的言行举动与甘愿降清的钱牧斋（谦益）之流截然分开，是否是对自己的自我标榜与评价？抑或此时曾昭燏已预料到自己沉入九泉之下，后人会对她真实的内心世界与言行产生误解或予以歪曲，而特意把侯朝宗拉出来，以明自己不可为外人道的心曲？——这是一个隐喻。或许曾昭燏在生命的中途戛然而止的密码，就隐藏于历史空隙这不经意间的偶然流露吧。
当曾昭燏血溅灵谷寺时，据说“组织”上已批准了她的入党申请，只是未来得及通知她本人。南京博物院副院长姚迁把曾氏的死讯向江苏省委、省政府作了汇报，因当时中国各阶层特别是知识分子自杀者太多。每有人“自杀”，便被认为是对革命的背叛，是自绝于党和人民的一种“罪恶”，而曾昭燏又恰恰是在安葬国民党抗战阵亡将士与蒋介石题字的灵谷塔绝命，无疑有蒋介石经常提及的“一死报党国”的况味，自是一种超级罪过。因了这种种只可意会不可言说的理由，江苏省党、政高层决定对曾昭燏之死秘而不宣，不准家属到现场和火葬场看尸体，并给南京博物院下达了三条指示：一、不发讣告；二、不开追悼会；三、以家属的名义料理丧事。在省委统战部部长亲自坐镇指挥、调度下，南京博物院采取从速、从俭和“打枪的不要，悄悄地进坟墓”的方式，将曾氏的遗体秘密收殓于一个木质薄棺中，于一个夜色朦胧、星光惨淡的黎明悄然无声地运出城外，于牛首山脚下一个人迹罕至的角落匆匆挖坑掩埋——中国考古文物界一代女杰就此长眠于荒草野坟之中。
曾昭燏之死，如一盏残灯熄灭，如此迅捷又悄无声息，令他的同事、亲朋故旧惊愕不已，一种人生无常的感慨油然而生。事隔近两个月的1965年2月14日（旧历正月十三日），远在中山大学的陈寅恪从曾氏后人信中得知这一噩耗，于惊愕中悲不自胜，当场流下了热泪，遂强撑年迈体衰的残躯，作诗一首，以示敬挽。在这首《乙巳元夕前二日始闻南京博物院院长曾昭燏君逝世于灵谷寺追挽一律》中，已是76岁高龄、双目全瞽的陈寅恪，深情地追忆了两家三世之交的情谊，对曾昭燏的独身生活、高才短命发出了忧愤哀苦的悲鸣：
论交三世旧通家，初见长安岁月赊。
何待济尼知道韫，未闻徐女配秦嘉。
高才短命人谁惜，白璧青蝇事可嗟。
灵谷烦冤应夜哭，天阴雨湿隔天涯。
因曾昭燏的自杀在当局看来是属于政治抗议和对党不满的表现，当局对此草草埋葬不作声张，曾氏的亲朋故旧自是不敢触怒天颜，自入牢笼，只能仿效曾国藩当年奉行“打掉牙，和血吞”的处事哲学，默默哀悼。此时陈寅恪已被划为“中右”分子，受到革命队伍的监控，时刻有被打翻在地的危险，因而诗成之后不敢公开，特别在附言中交代：“请转交向觉明先生一览，聊表哀思，但不可传播也。”从后来辗转流传的诗稿看，此诗不止一个版本，或许是陈寅恪怕被当局抄没销毁而特别匿留。另一稿后四句为：
多才短命人咸惜，一念轻生事可嗟。
灵谷年年薰宝级，更应流恨到天涯。
对曾昭燏的死，陈寅恪不能在诗中明言自杀，只能隐晦地以“逝世于灵谷寺”表白，并特别注明“不可传播”，可见当时政治高压和陈氏小心慎谨。附言中转交的向觉明，即向达，时任北京大学历史系教授兼图书馆馆长。陈、曾二人皆与向达友善。1942年9月至1943年5月，向达以敦煌专家的身份参加了中央研究院组织的西北史地考察团，出任考古组组长，与副组长夏鼐及弟子阎文儒，前往敦煌及周边长城、烽燧考察。其间，向达与时任中央博物院筹备处总干事的曾昭燏通信达29封，信中详细介绍了沿途见闻和考察经过，以及经斯坦因等帝国主义分子劫掠和破坏后敦煌的惨状。这部分书信在曾昭燏去世十五年后被发现，并由南京师范大学于1980年刊布。通观向、曾通信内容，可见二人交情笃厚纯美，言辞礼数堪称由士大夫脱颖转变为自由知识分子这一新兴阶层交往的典范。正是缘于这样一种肝胆相照、心底皎洁的深情大爱，陈寅恪才敢冒政治风险由岭南寄喻远在北京的向达，以示共同缅怀悼念。
陈诗中的前两句，指陈家与曾氏家族自曾国藩与陈宝箴一辈起，已有三世之交。“长安”意指国民党首都南京。“初见长安”，当指陈寅恪与曾昭燏相识于南京。“岁月赊”，意指二人相识已经很久。三、四句，当是以东晋女诗人、著名才女谢道韫比拟曾氏，并以谢道韫与徐淑、秦嘉之典，指曾昭燏虽有忠贞之情却终身未婚的身世。五、六句借陈子昂《宴胡楚真禁听》“青蝇一相点，白璧遂成冤”句，喻指谗言陷害无辜，以及曾昭燏因家庭和政治受诬陷而蒙冤酿成悲剧。最末二句前后稿不同，后稿中的“灵谷年年薰宝级”，一般解释指佛教殿堂建筑。钱谦益《长干偕介邱道人守岁》有：“头白黄门熏宝级，香炉曾捧 玉皇西”句，疑陈氏此处“薰宝级”乃借钱诗用辞。但据南京博物院考古学家陆建芳释解：此句首先要追述曾昭燏的身世，曾氏之所以终身未婚，除了家庭文化熏染，更多的是与西方教会学校背景有关，此有与曾昭燏本家曾宝荪、曾昭懿，以及金陵大学的吴贻芳和岭南大学的冼玉清等一代才女和社会名流为证。这种独特的身世，使之思想观念自然地倾向于宗教，并受宗教的感染与不同程度的教化。“宝级”应是指佛门修炼的一种境界，也就是六道轮回和十法界中的最高境界。佛教中的六道轮回与十法界说，即预知和测定人死后生命灵体的归宿及飘向何方的命题。按佛教中六道的能量级划分：一级能量以下的生命灵体要向下堕，堕入地狱道；二级生命能量灵体，下堕为鬼道；二级以上至三级的生命能量灵体进入畜生道；三级以上至四级的生命能量体进入人道；五级以上、六级的生命灵体上升为天人道；七级能量的生命灵体进入罗汉法界；八级生命能量体进入菩萨法界；九级能量的生命体入九地菩萨位，即进入佛法界最高的“宝级”，从而成佛得道。
作为受东方儒家文化浸淫并有西方教会学校背景，同时又对佛学教义颇为倾心并有一定研究的曾昭燏，对于生命的终结，一定经过了较长时间的思考和内心搏斗，最后去意已决，便从容自若，心如止水，这从她死亡前的言行中便见得清楚，其间的过程自是与宗教信仰有着千丝万缕的联系。曾氏将生命的终点选定在灵谷寺，理由自是多多，比如此处较其他佛门寺院更加神秘幽邃，弥漫着灵异浓郁的神佛气氛，但其主要的缘由可能还在于灵谷寺由废墟中重新兴起，与曾国藩有着密不可分的关系。在曾昭燏的心中，此处乃是镌刻着曾氏家族施以恩德，佛家香火得以延续，佛家教义得以兴行的具有明显历史印痕的神圣之地，这个神圣之地就是曾氏家族光荣与梦想的一个组成部分。曾昭燏因了这份光荣与梦想而来，更是为了心中的宗教理想而选择灵谷塔而去。曾氏之所以从灵骨塔的第七层，而不是最高的第九层跳下，按陆建芳的说法，其内在原因就是曾昭燏认为自己的精神修炼尚未达到佛家所说的最高境界，故从七层飘然而下，进入心中的佛国净土与佛家所说的罗汉法界。自此，便是“天阴雨湿隔天涯”，灵魂飞升，世间万物不复见矣。
继陈寅恪的哀鸣与叹息，隐住于武汉大学校园的沈祖棻闻曾氏死讯，有《屡得故人书问，因念子雍、淑娟之逝，悲不自胜》六首，前三首是悼念曾昭燏的诗文，其中有“犹记芸窗共一编，几回风雨对床眠”句。子雍即曾昭燏表字，沈、曾二人早年在中央大学和金陵大学读书时相识相知，并与杭淑娟、游寿、尉素秋、章伯瑶、徐品玉、张丕环、胡元度、龙芷芳等同学在中大校内六朝松下“梅庵”结成词社，名为“梅社”，吟诗唱和，度过了一段快乐时光。当年同学情深谊厚，如今人世两隔，沈诗格调分外哀惋凄凉，读之令人泪下。1974年，沈氏再作《岁暮怀人四十二首》，其中一首为缅怀故人曾昭燏而作：
湖边携手诗成诵，座上论心酒满觞。
肠断当年灵谷寺，崔巍孤塔对残阳。
沈祖棻夫婿、当年金陵大学的同窗程千帆为沈诗笺释云：
子雍长南京博物院，位高心寂，鲜友朋之乐，无室家之好，幽忧憔悴，遽以一九六四年十二月二十二日坠灵谷寺塔，享年仅五十有五。伤哉！