1945年抗战胜利后，曾昭抡受北大代理校长傅斯年委托，率先由昆明飞临北平察看、接收原北大化学系实验室、仪器设备与图书资料，筹备复校事宜和化学系工作，这是北大、清华教授中第一位抵达北平者。之所以由曾氏首抵北平，并非由于他是曾国藩家族的后代，或脾气古怪，别人惹不得，实与美国原子弹爆炸后在国人心目中形成的强大震慑力带来的气氛有关。
1945年8月，美军向广岛、长崎投掷原子弹而迫使日本投降，这种新型核弹所爆发出的巨大威力，震撼了世界的同时也改写了世界战争进程，人类进入原子时代。就在国人以原子弹对战争的作用与奥秘感到不可思议，在一片惊呼声中大加赞誉又盲目推崇的时候，曾昭抡于日本向盟国正式举行投降签字仪式一个星期的9月9日，于昆明《正义报》发表了《从原子弹说起》一文，明确警示国民政府军政人员与普通国人，对于原子弹的来龙去脉以及对未来国家安全的影响，必须有一个清醒而具常识性的认知。曾氏明确指出：“原子弹的引用，虽然不是使远东战争急遽结束的唯一因素，至少对于迅速结束此次战争，具有莫大关系，那是不容否认的。日本人民，不幸成为此项新武器的试验品。两枚原子弹，炸死了几十万人。据今所知，广岛被炸以后，若干日内，人民继续死去。到了今天，那一度闻名东亚的海军基地与工业城市，完全变成了死城。地面一切生物，完全灭绝。只有天空飞来的老鸦来此凭吊往日城市的古迹。科学家对于原子弹的幻想，似乎完全证实了一颗总重不过四百磅，含铀仅只六两重的原子弹，不但其爆炸力量相当于两万磅的高炸药；而且炸过以后，因有放射元素的产生，其事后影响，对于生物，亦具有毁灭性……从此种观点看去，原子弹的发明，的确在武器制造史上，开辟了一个新时代。”又说：“素来不讲究科学的中国，这次也为原子弹的惊人功效所震眩。一月以来，街头巷尾，茶余饭后，不分老少，大家都在时常谈论着原子弹，连苏联进军东三省后进展如此神速的奇迹，也为原子弹所掩盖。”但是“我们必需记得，原子弹在美国之所以能以发明，实乃半个世纪来世界上许多第一流科学家潜心研究原子构造所得到的实用结果之一。一般不懂科学的人，只知道提倡工业，强调实用，认研究纯粹科学为迂远与不切实际。哪知道划时代的新发明与新发现，向来是从高深的学理研究演化出来。纯粹科学之极端重要，在原子弹上即得到具体证明。”最后，曾昭抡提醒国民政府当局：“战败后的日本，业已宣布以研究科学为教育主旨。他们是说得出，就做得到的。相反地，我们面临此科学支配一切的世界，却徒托之于空谈。对于原子弹，也不过谈谈写写，并不从事实际研究。……要想急起直追，此刻正是时候。要不然，恐怕机会就要错过了。”
就在曾昭抡发表此文前后，有一个人也在为原子弹爆炸的神奇威力所震撼，并密切关注、搜集这一神秘武器的情报。此人就是曾昭抡的郎舅，时任国民政府军政部次长兼兵工署署长的俞大维。
俞大维由哈佛大学读书时的数理逻辑研究，转入柏林大学研究院后兼及文史，因同学中出了个后来成为他妹夫的“傅胖子”（斯年），感到在文史上无出头之日，遂倾全力专攻数理逻辑与哲学。留德期间，俞大维聆听过爱因斯坦教授的相对论等课程，学识大进。1925年，俞氏写了一篇题为《数学逻辑问题之探讨》论文，刊登于爱因斯坦主编的德国数学杂志《数学现况》，由此成为在这一国际级刊物发表论文的第一个中国人。在该期刊发表论文的第二个中国人则是更年轻的华罗庚，俞、华二人日后成为同道上的好友与这一缘分有一定关系。1929年6月，俞大维返国，未久出任军政部参事。1930年5月，俞氏第二次赴德，任商务专员，负责采购军火装备，专门学习军事，包括兵器制造、战役分析，尤其是弹道学。其间，俞大维用德文记录了四十多本笔记，并自豪地说：“这两年学到的比哈佛三年学的还多！”嗣后，俞大维成为弹道学专家，对原子核能的理论和运用信息也有所了解。
当美国原子弹在日本爆炸后，俞大维在中美联合参谋本部参谋长魏德迈中将处，看到了美国关于原子弹研制的机密文件《史密斯报告》。与俞大维友善的魏德迈私下表示中国也可以研制这类超强威力的武器，并可派人到美国去学习。俞大维闻听大喜，就此上报军政部部长陈诚和最高统帅蒋介石。蒋对此自是大感兴趣，遂令陈诚和俞大维负责筹划组织这一关乎国防发展的重大计划。俞大维受命，认为原子弹的研制最为重要的是物理、化学、数学三门科学，而这三科出类拔萃的人才都集中于西南联大。于是，俞大维首先把目光集中到他最了解并有亲戚关系的曾昭抡身上。
俞大维之所以选择曾昭抡，除了与曾家有世代姻亲，且自己的胞妹俞大絪嫁给曾昭抡之外，更重要的是作为国内一流化学家的曾昭抡，已进行了多年烈性炸药和利用炸药制造武器的研究，并于1943年发表了《新型炸药发明的可能性》等论文，1944年出版了《火箭炮与飞炸弹》专著。而此时曾氏正在进行原子核能的研究，并撰写《原子与原子能》一书，对原子核能已有相当深刻的理论研究。另一个原因是，曾昭抡对军事与军事理论有着天然的兴趣。抗战军兴，曾氏在从事教育与科学研究的同时，以充沛的精力和热情研究军事战略，对中日战争，盟军与德意法西斯军队的战事，从武器装备、战略战术、诸位将领的特长与弱点、各国民党军民士气等方面，发表了大量军事评论。到抗战结束，在各种报刊上发文达200篇以上，其中《从军事技术上推论欧洲战局》《现代战争中的武器》《欧洲第二战场》等三篇军事评论轰动一时，并给西南联大师生和重庆方面的军政要人留下了深刻印象。
一位叫汪子嵩的联大哲学系学生，许多年后在回忆他的老师沈有鼎的时候，涉及曾昭抡并有一段颇具趣味的描述，汪说：“沈有鼎先生是联大教授中几位‘怪人’之一。他和化学系的曾昭抡先生在外貌上相似：都戴着一副近视眼镜，头发和胡子总是邋邋遢遢，老是穿一件洗得已经发白的蓝布长衫，有几个扣子没有扣上，脚上穿的布鞋，不但破破烂烂，有时还没有穿好，似拖着走路；而且一面走路，面上总有点像是微笑，口上喃喃自语，显然是自己在思考问题。他们的不同是：沈先生走路不慌不忙，老是在思考哲学问题；而曾先生却走得匆匆忙忙，他是有名的民主教授，在每次民主集会上都发表讲话，当然不是谈化学，也不谈政治和经济问题，而是讲军事。他对当时抗战的军事情况了解得非常清楚，谈起来像个军事专家。曾先生是曾国藩的后裔，颇得祖传遗风。”
与曾国藩的实战经验或《曾胡治兵语录》不尽相同的是，曾昭抡在他的军事理论演讲中，以一个杰出科学家的眼光，特别指出战争的进程将随着科学技术的进步而进步，这种进步更多体现在日益发展的武器装备上，谓：“现代战争，乃是科学的战争，在其他条件约略价等的情况下，谁在科学上占得优势，哪个国家就会胜利，已成一定不移的真理……要谈战争，就得明了作战时所用的武器。”又说，随着“时代变迁、科学进步”，投入战争中的武器将“在构造上愈来愈复杂，在种类上愈来愈繁多，在功用上愈来愈新奇。”而“这次大战中战争技术的主要进步……就是运用已有武器配合新发明或改良的战术而进行战争”。
随着战争的进展，曾昭抡对战争的研究越发成熟，并不乏出神入化的篇章问世。1944年6月，当盟军近三百万大军云集欧洲西线战场时，曾氏正确预测了盟军将在诺曼底登陆的具体位置，而预测的登陆时间仅比实际相差不到一个昼夜。1945年1月，曾昭抡作为国际军事问题专家应昆明《正义报》作“新年五问笔谈”访问，明确回答：欧洲战事将于“上半年结束”。同年5月，曾氏在谈到盟军何时进攻日本时，认为“最早当在今年八九月，迟至则可延伸到年底。但是攻势一旦展开，战争的结束，也许并不在远。”届时“苏联在远东参战，也开始成为可能”。曾昭抡这一预言，引起了军政当局和知识分子高度关注，战争的实际进程，很快证实了这一预言的正确，因而曾氏成为当时知识分子中最著名的的军事问题专家之一，《燕京新闻》对此专门作了评价：谓曾“虽为一个化学家，但对于政局、战局的分析和综合，都可以与任何专家媲美”。
此处需要特别说明的一点是，在当时的西南联大与其他机构的知识分子阶层，谈论战争与撰写战事评论者并非曾昭抡一人，而是有相当的一个群落，且各抒己见，大谈特谈，一时间出了许多大大小小的以“卧龙”与“凤雏”自称的军事战略理论家，傅斯年就是一个。当然，这些“卧龙”与“凤雏”也有走眼跑光的时候，据时在昆明的北大文科研究所研究生任继愈回忆说，西南联大法学院一位教授在昆中北院作世界形势报告，分析德苏两国会不会开战的问题。按这位教授的分析，二者不会开战，理由有四。这位教授先讲了两条，中间休息二十分钟。恰好这时街上的报童在门口叫喊：“号外，号外，德苏开战了！德苏开战了！”主讲人颇为尴尬，宣布下半段不讲了，挟起包袱一走了之。
按任继愈的说法：“世界风云变幻莫测，一介书生仅仅根据报刊、文献提供的有限信息资料去做判断，结论有误完全可以理解。后来二战记载德国出兵进攻苏联，连斯大林还判断失误，何况远离实际的东方学者？”任氏之说自有其道理，但从另一个侧面也说明做一个真正的“卧龙”或“凤雏”式人物并不容易。当年在南阳隆中这块地盘上耕种的民众或乡村知识分子，恐怕不止诸葛亮一人，但对天下大势的认知和对形势演变发展的预测，能与诸葛氏抗席者却罕有其匹。以此推之，当时窝居西南边陲昆明城的曾昭抡，对军事的研究确实有他的过人之处。
正是缘于天时地利人和等诸种条件，在如何研制原子弹这一关乎未来战争和国防建设的重大问题上，俞大维才把曾昭抡列为实现这一计划的首要人选。
曾昭抡被俞大维电召重庆，谈了欲派人赴美学习研制原子弹之事，曾氏听罢异常兴奋，对原子武器开发正是自己的心愿，如今有此机会，自然乐意效劳。根据俞和曾昭抡的意见，这些人才不应在中央研究院内部寻找，也不要在重庆的中央大学搜寻，最好还是把目光放在西南联大，因为就物理、数学、化学三科而言，抗战之前，北大、清华的理科在全国名列前茅，西南联大组成后，其阵营更是强悍无比，在学术界的地位可以说是独占鳌头，其他院校和研究机构无法与匹敌。此点，物理学家吴大猷曾作过披露：抗战期间，清华、北大、南开共同组成西南联大，物理系阵容非常强大。其中不仅有清华的叶企孙、吴有训、周培源、赵忠尧、王竹溪、霍秉权，北大的饶毓泰、朱物华、吴大猷、郑华炽、马仕骏，南开的张文裕以及许贞阳等人。其中最令人瞩目也是资格最老的两巨头是叶企孙与饶毓泰。叶、饶二人以及胡刚复、丁燮林、吴有训、严济慈等，皆是20年代最早由海外返国的留学生，可谓是中国第一代响当当的物理学家。而这第一代中，尤以饶、叶二人地位和威望最高，属于恐龙级的“学术权威”，是中国物理学领域内有资格称奠基人的“双雄”，或曰“双子星座”。其次才是“鳄鱼”、“海龟”级如丁、吴、严，另加第二代的吴大猷、周培源、赵忠尧等人，而第二代的物理学家多出自上述诸人门下。在学生辈中，有杨振宁、黄昆、李政道、胡宁、林家翘、张守廉、黄授书、李荫远等，这一批学生在未来岁月里，又成为承继一、二代老师精神和业绩，并有所创新和发展，继往开来的世界级物理学家。对此，吴大猷后来颇为自豪地说，西南联大八年，“遇见这样的‘群英会’，是使教师最快乐的事”。
正是缘于这样一种其他机构罕有其匹的强势，曾昭抡于西南联大推荐了物理学教授吴大猷、数学教授华罗庚两位一流的科学家。在得到陈诚和蒋介石认可后，曾昭抡很快回昆找吴、华二人密谈。未久，三人来到重庆，在陆海空三军招待所秘密住了下来。
当此之时，全国教职人员都处于贫困之中，根本无力添置衣服，其穿戴颇为一般官僚政客和追名逐利之徒所鄙视，连街头叫花子都知道教授没有钱，每遇到教授模样的人，叫花子们都懒得伸手讨要，只翻个白眼故意作潇洒状、吹着口哨场长而去。曾、吴、华三人中，只有吴大猷打扮得略为得体，尽管衣服外套已穿了几年，总体上还算说得过去，而曾、华二人就大不同了。曾昭抡仍是邋邋遢遢，拖拉着鞋子走路，一副满不在乎的名士派头。华罗庚衣履破旧，穿戴也算不上整齐，且走起路来依旧在地下不断画圈。三军招待所守门的卫兵与服务小姐们突见住进了如此怪模怪样的三位“大爷”，不但不放在眼里，有时还满脸鄙视地故意找点麻烦，以彰显自己作为小鬼在阎王殿的特殊地位，三位衣衫破旧的“大爷”也只是干生闷气而无可奈何。想不到几天之后，陈诚与俞大维携众随员前呼后拥地来访，两位高官对三位教授礼遇有加，卫兵与服务人员大吃一惊，虽弄不清面前这三位“大爷”是多高的官衔，但显然地感到不是一般人物，遂立即转变态度，将三位当做来路不明的一方神圣供奉起来。
曾、吴、华三教授与陈、俞两位部长商谈后初步达成共识，即曾昭抡此前已撰文论述的，像原子弹这类事情，实乃半个世纪来世界上许多第一流科学家潜心研究原子构造所得到的一个硕果。中国要想研制原子弹，不是找几个科学家猫在一间屋子里，用几天或几个月时间就能造出来的。落后的中国人才缺乏，任何计划，必须从科学的根本做起，具体做法是：（1）成立研究机构，培植各项基本工作人才；（2）初步可派物理、数学、化学人员外出，研习观察近年来各部门科学进展情形，拟一具体建议，计划筹建一研究机构，即时选送优秀青年数人出国，习物理、数学等基本科学。这个方案很快得到蒋介石允准，由曾、吴、华三人各选两名可堪造就的青年人才共同赴美，并拨发五十万美元作为这一计划的前期资金。这一行动的代号是“种子计划”。
计划既定，三教授分别作出国考察准备并挑选随行的青年才俊。曾昭抡挑选的是西南联大化学系1942年毕业聘任助教的唐敖庆和1945年毕业聘任助教的王瑞駪；吴大猷选的是1945年西南联大物理系毕业聘任助教的朱光亚和正就读物理系二年级的学生李政道；华罗庚选的是1939年西南联大数学系毕业聘任助教的资深助教孙本旺和1935年毕业于清华大学数学系、时在美国布朗大学攻读的徐贤修。
据吴大猷回忆说：“返昆明后，我告冠世一切经过。谈到推选青年习物理者两人时，冠世和我皆不犹豫地选择李政道。当时在西南联大的研究生及助教中，天赋勤奋未有如李的（杨振宁已考取清华留美，黄昆考取中英庚款留英）。”吴氏所说的冠世乃阮冠世，原是南开大学物理系学生，吴大猷曾当她一年级的教员，后二人恋爱结婚并双双赴美深造，抗战军兴，阮氏随夫来到昆明。从阮氏坚定的话语看，她对李政道的才华是有所了解并颇为赏识的。未久，吴与清华物理系位居第一把交椅之尊的叶企孙商量，得到叶的支持，旋得到校长梅贻琦批准。对于这一选择，在联大校园内引起一场波澜。像这等出国留学的好事，竟被一个本科还没有毕业的学生抢了风头，着实令一些人心中不服。但此事不同于一般的庚款放洋，吴大猷手握先斩后奏的“尚方宝剑”，有绝对自主的权力，因而不服者也只能在叽叽咕咕一阵后叹息自己命薄了。后来李政道在参加上海敬业中学举行叶企孙诞辰100周年的纪念大会上说道：“叶师破格推荐当时只念大学二年级的我去美国读博士生，……没有叶老师和吴大猷老师，就没有我后来的科学成就。”这话当是不差的。
人员既定，曾昭抡先期赴美联系有关事宜，吴大猷召集上述几人加速讲授近代物理，一方面着手翻译俞大维交来的绝密文件《史密斯报告》，由唐、王、朱、李、孙等五人分头翻译，吴大猷统校修改，完毕后送军政部存档，只是后来未及出版，内战爆发，此稿下落不明。——此虽属后来之事，但足可见出国民党要员们办事之劣与丢失大陆之一斑。
1946年6月，吴大猷奉朱家骅之命，代表中央研究院赴英国参加英国皇家学会举行牛顿三百周年诞辰庆祝会。同年8月，由华罗庚率领唐敖庆、王瑞駪、朱光亚、李政道、孙本旺等五位青年才俊赴美，到加州大学与先期抵达探路的曾昭抡会合。此时，曾昭抡已被推选为联合国原子能管理委员会中国代表。9月，吴大猷由英转美，与曾昭抡、华罗庚及随行赴美的几位研究生会合，共同商讨考察进修办法。此时曾昭抡已通过关系了解到，美国对原子弹的研制过程被列为绝密，中国人到有关研制机构和工厂去学习考察已不可能。此前的1945年末，杨振宁获取庚款留学美国，想成为芝加哥大学教授恩里科·费米（EnricoFermi）的研究生，但没有人能告诉他费米在哪里，因为费米是世界上第一座可控原子核裂变链式反应堆的建造者，行踪保密。早在1942年12月2日，费米与其助手即在芝加哥大学建成世界上第一座可控原子核裂变链式反应堆，使它达到临界状态，产生可控的核裂变链式反应。这一成就是原子能时代的一个重要里程碑，为两年后的原子弹诞生奠定了基础，芝加哥大学因此被称为“原子能诞生地”。
鉴于现实情况暂时不可扭转，曾昭抡建议众人分别选择合适的大学或研究机构进修或从事外围研究。在得到国民政府当局同意后，曾昭抡等师生分头行动，陆续进入不同的大学和科研机构潜心学习，以图将来。华罗庚去了普林斯顿高等研究院任客座教授；朱光亚进入密执安大学研究生院，后获得博士学位；唐敖庆进入哥伦比亚大学化学研究院，后获博士学位；王瑞駪进入华盛顿大学，后获博士学位；孙本旺进入纽约大学柯郎研究院，后获哲学博士学位。
在华罗庚率领赴美的五位青年才俊中，唯独李政道有点麻烦。据吴大猷回忆说：“我没有办法把他推荐给任何一个大学的研究院，因为他大学还没有毕业。我写了几封介绍信，其中有一封是写给戈登斯米特（Coudsmit）教授的。那个时候，他在西北大学（NorthWestern University），当然我写了几句关于年轻的李政道的话。我说，李政道是那样的聪明，我发现他对于解决问题简直有着不可思议的洞见、看法。总之，我希望能提供一些帮助，以便让李政道能进入研究生院。”此时的李政道虽然入学受阻，但没有放弃努力，他坚信在这样一个神奇的国家，只要不放弃努力就一定会有成功的希望。皇天不负苦心人，几经周折，终于获取进入芝加哥大学试读的资格。对于这一关系李氏一生命运转折并对世界物理学发展产生影响的关键点，李政道记忆犹深。许多年后，有这样一个简短的回忆：
芝加哥大学是个例外，她能够接受没有正式文凭的学生，但是有一个要求：该生必须熟读过希钦（Hitchin）校长指定的几十本西方文化的古今名著，并通过对这些名著的考试。可是当时的我，连对这些名著的书名和作者都完全空白，我向芝加哥大学招生办公室的负责人解释：我对东方文化的名著孔子、孟子、老子等的学说尚有造诣，而这些东方名著与希钦校长指定的书文化水平相当。他们信了，觉得这也有其道理，就让我先进芝大的研究院试读。两个月后，芝大物理系的系主任替我争取，这样，我就被正式录取为研究生。
对于李政道这一说法，与其同赴美国的朱光亚在回忆中进行了间接的证实。朱说：
日本投降后，1946年吴大猷老师得到了一笔经费出国研究，可有两名研究生随行。吴先生选了政道和我。当时政道虽已具备很好的经典和近代物理基础，但名义上还只是大学二年级学生。到芝加哥大学后，他因没有大学文凭（其实因抗战，他甚至连中学和小学也没毕业），不能当正式研究生，只能先当非正式生。但进入研究院不久，由于他的天才和勤奋，很快得到了物理系费米、特勒（E.T.eller）和扎古赖亚森（Zachariasen）等教授的赏识，很快成了正式的研究生。
就在李政道进入芝加哥大学的时候，杨振宁已提前几个月进入了这所现代物理学“圣地”，从事学习和研究了。因而，记住曾昭抡、吴大猷、华罗庚三位科学家率领这批青年才俊赴美学习、研究，以及先前到达的几位中国留学生精英这段曲折的求学历程就显得极其重要。因为这一有计划、有组织的行动，不仅是国民党原子弹“种子计划”的开端，更是新中国原子科学史上的重要篇章，后来中共领导下的科学家在西部大漠引爆原子弹，真正的源头就是从这里开始的。
1947年4月21日，时任国民政府国防部部长的白崇禧建议设立“中央原子物理研究所”，同时增加“国立物理科学所”的相关研究设备，要求拨给经费一百四十余万美元，外加第一年补充设备费一百万美元。此时国共内战已经大规模爆发，国民政府无力拿出大把的银子换取遥遥无期的核武器，于是，蒋介石亲笔批复白崇禧的签呈：“目前国库支应浩繁，外汇亦须节用，所请设立原子物理研究所一案，似应缓办。”未久，国共战局愈来愈不利于国民政府，“缓办”二字为蒋介石在大陆统治期间研制原子弹的梦想画上了一个无奈的句号。
就在曾昭抡、吴大猷、华罗庚等师生赴美国之前，中央研究院欲筹设原子物理研究所，并委托原西南联大物理系教授赵忠尧赴美参观在太平洋比基尼小岛举行的原子弹爆炸实验，同时令赵想方设法购置研究原子核物理的器材。
在第二代物理学家中，赵忠尧算是一个异数和少有的天才，也是与诺贝尔奖最近、几乎触手可得的一人。对于赵的传奇性经历，吴大猷曾特别惋惜地说过：“赵忠尧在30年代初，在加州工学院从事硬γ线的吸收研究，此项工作极为重要，为后来安得逊发现正电子的先河，惜失之交臂。”在西南联大时代，赵忠尧用由北平带出来的五十毫克镭，做了些人工（中子）放射性原素实验，虽然成就不够理想，确是代表了一种“知其不可为而为之”的精神。正是缘于赵氏非凡的才气与精神，中央研究院才派其赴美欲成就一件“大事因缘”。赵忠尧抵美后，历尽千辛万苦，经过两年的努力，终于弄到了一批器材，此时已是1948年底，南京国民政府即将土崩瓦解。赵忠尧决定暂留美国，静观待变。1950年11月底，赵忠尧冲破种种阻挠，终于途经香港回到了祖国，只不过此时整个大陆已是共产党的天下了，国民党的大笔金钱算是为共产党尽了义务。几年后，赵氏利用从美国带回的器材和零件，主持建成了第一台70万电子伏的质子静电加速器。1958年又主持研制成功了250万电子伏的质子静电加速器。这两项研究的成功，为中共在不长的时间内引爆原子弹并发展核工业事业建立了头功。至于后来大陆媒体和民众一谈到物理学与原子弹，言必称“三钱”（南按：钱学森、钱学强、钱伟长。实则钱伟长没有参加原子弹和“两弹一星”的研究），又是另一番天地的事了。
随着蒋介石政府在大陆的瓦解，当年派往美国实施“种子计划”的人员也随之星散，曾昭抡赴欧洲访问，其他人员也在变换调整自己的角色。1948年，曾昭抡、华罗庚、吴大猷三人均被选为首届中央研究院院士，继而国共两党除了于战场上指挥各自的官兵真刀真枪地互相砍头，还动用一切能够利用的力量，想方设法展开了对海外高级知识分子的争夺。曾昭抡率领的“种子计划”全部人员和赵忠尧等滞留国外人员，连同一切与核能研究相关的研究人员，更是被国共两党看做决定未来两党政权能否在中国立足的“国宝”，为此展开的争夺也就分外剧烈。最后的结果是：曾昭抡、华罗庚、唐敖庆、朱光亚、孙本旺返回大陆；吴大猷、李政道、王瑞駪、徐贤修留在海外。十几年后，回到大陆的朱光亚、赵忠尧等科学家，与钱三强等另一个支系的海外回归人员合作，最终为中共政权研制成功了原子弹。而台湾方面在秘密研制过程中，因受现实政治、环境等限制并在美国的打压下，“种子计划”功败垂成，最终梦碎孤岛。
随着时间的推移，留美的李、王、徐等三人皆被陆续选为台湾“中央研究院院士”，吴大猷曾一度出任台湾“中央研究院院长”，徐贤修出任台湾新竹清华大学校长。当时未作其他非分之想，更未想在国共两党统治的地盘上升官发财的李政道与王瑞駪两位既有心机、又有骨气的硬汉，坚决拒绝国共两党的统战工作，怀揣造福人类、推动人类文明进步，而不是相互砍头、剁脚、割喉、封口的梦想，铁钉一样牢牢地扎在美国这块自由的土地上，于几间小屋里埋头研究学术。1956年，李政道与杨振宁共同提出了“弱相互作用下宇称不守恒”理论，并得到了另一位中国赴美的实验物理学家吴健雄女士的实验证明。随着这一伟大成果横空出世，李政道与杨振宁于1957年共同获得诺贝尔物理学奖，受到世界瞩目。1970年，先后任教于耶鲁和纽约州立大学的王瑞駪被选为美国艺术与科学院院士。就整个20世纪而言，李政道、杨振宁、王瑞駪等三人，外加一个金岳霖弟子、哲学家王浩，是西南联大走出去的学生中真正具有国际影响且对人类科学文化事业作出杰出贡献的伟大学人。李、杨、王、王等四人，称得上是当之无愧的西南联大学生的“光荣代表”。至于其他的学人，有的也作出突出贡献，特别是中共实际控制大陆后，负责制造军火如原子弹、氢弹的一批科学家，其在大陆普通民众和中小学生心目中的地位，完全超过了李政道、杨振宁、王瑞駪、王浩，似乎成了科学家队伍中最伟大光荣的代表人物。——这样的社会认知与声誉，对一批赴美留学，回国后制造军火者当然是一件幸事，但就整个世界人类文明和进步而言，幸与不幸，还有待时间的检验。
此处需要略加补充和提及的是，当年比李政道早几个月进入芝加哥大学的杨振宁，没有成为费米的研究生，而李氏有幸成为在物理学界号称“伟大的费米”的研究生之一。在20世纪的诺贝尔物理学奖获得者中，其中不少是与费米共同合作的伙伴，或者是他直接指导过的学生。仅在芝加哥大学期间，费米直接指导过的学生就有五位诺贝尔奖获得者，李政道是其中之一。因1957年李政道与杨振宁共同摘取诺奖桂冠，在外界宣传上，杨也就跻身于费米学生的行列（南按：据统计，截至2007年，芝加哥大学是世界上斩获诺贝尔奖最多的学校，该校的教授、研究人员、学生获诺贝尔奖的人数达81位，其中包括杨振宁、李政道，还有一位来自中国河南宝丰县，于1967年进入该校就读，1998年获物理学奖的美籍华人崔琦）。如此这般，杨振宁是否是费米的学生，以及“宇称不守恒”理论这一假设是谁最先提出，谁是诺奖的主角，谁是配角等问题，为日后李、杨二人的分裂直至成为相互攻伐的仇寇埋下了种子。当这枚仇恨的种子在世道人心的大变动中生根发芽后，李、杨双方各执一词，互不相让，且把老师吴大猷也间接地卷入其中。李、杨二人在你来我往的攻防中，来了个“公说公有道，婆说婆有理”，而吴大猷在尴尬无奈中，落了个“两妇之间难为姑”的结局。当然，这是后话，不说也罢。