“什么？震天雷火药配方失踪？”震怒之下的赵顼，第一个念头就是，如果火药流落到西夏、辽国的话，大宋要付出的代价简直不堪设想！
石越此时却在想王安石知道这件事时的反应：当时正在写批文的王安石手中的笔“当”的一声掉在了地上，墨汁洒在王安石的衣服上，到处都是。他直觉地感到，王安石没有参与这起阴谋。想到这儿，石越不由又有点紧张，如果不是阴谋……如果不是阴谋……他也不敢想下去了。
至于皇帝的吃惊与震怒，是在意料之中的。
赵顼恨恨地说道：“好个沈括！好个孙固！深负朕望，深负朕望！”
王安石这时却早已冷静下来，连忙劝道：“陛下，这件事情，还要调查清楚，与沈括、孙固未必有关系，臣以为，二人应当不至于卖国。”
石越也道：“不错，若是沈括要卖国，根本无须盗卷案，震天雷的资料他一清二楚，自己写出来就是了。而孙大人是陛下旧臣，陛下当深知其为人方正。这等事，臣是可担保的。”
赵顼怒道：“朕不是怀疑他二人卖国！但即便不是他们做的事情，军器监看管不严，账目混乱，他们二人玩忽职守，罪责难逃。赦令，沈括、孙固，罢守本官。蔡卿，火药配方失踪之事，你去找开封府陈绎，调集得力人手，加快破案！”
蔡确却不领旨，而是顿首说道：“陛下，火药配方失踪，自当破案。若是流传外国，必经关卡，可下令各地关卡严查，严防挟带出关。再派人盯紧在京的各国使者，方是上策。另外，臣身为御史中丞，职责所在，还要弹劾石越荐人不明，至有此失，陛下当议石越之罪。”
石越见蔡确当面弹劾自己，连忙跪下来，顿首谢罪：“臣荐人不当，请陛下降罪。但是臣敢担保沈括无叛国之心，其人人才难得，还请陛下许其戴罪权知兵器研究院。震天雷有失，正当责令兵器研究院加紧研制改善新的火器。”
赵顼顾视石、蔡二人，沉吟良久，才冷冷地说道：“石越荐人不当，罚俸一年。沈括也别想去领什么兵器研究院了，案情没有调查清楚，让他到白水潭教书。石卿你先兼领兵器研究院事，吕惠卿守丧期满，已经在返京的路上了，等他回来，让他判军器监，知兵器研究院的人选到时候再议不迟。”
后来被称为“军器监奇案”的事件，是熙宁年间一件值得关注的重大历史事件，其带来的一系列直接间接的后果，影响相当的深远。但在当时而言，最让人震撼的，是之前在政治斗争一直占据着主动，并且从未有过真正大挫折的石越，这一次却遭遇了真正的惨败。因为石越曾任提举胄案、虞部事，而兵器研究院又完全是石越一手创建的，因此在朝廷中，几乎所有人都知道军器监几乎完全是置于石越影响之下的，除军器监之外，钦天监与白水潭学院也有牵扯不断的关系，钦天监的几乎所有官员，都曾在白水潭学院兼过课，而且绝大部分和石越关系良好，沈括更是朝中少数被视为“石党”的人物。而这一次沈括被彻底整跨，圣意要让吕惠卿出任判军器监事，显而易见，以吕惠卿的能力，石越对军器监的影响力会被减至最低。而钦天监虽然不至于如军器监那么惨，但是沈括的罢官，也足以构成一大打击。只不过钦天监在注重“事功”的时代，不如军器监那么引人注目罢了。