马士英作了弘光皇帝的首辅以后，借弘光皇帝之名在军事上作了一系列部署，提出“江北与贼接壤，遂为中枢，议设四镇，分辖其他”。命史可法以督师地位坐镇扬州。命高杰驻守泗州，管辖徐州等十四州县，经理河北、河南、开封、归德一带。刘泽清驻守淮安，管辖淮海等十一州县，经理山东一带。刘良佐驻守淮海，管辖凤阳等九县，经理河南陈、杞一带。黄得功驻守庐州，管辖徐、和等十一州县，经理光固一带。
马士英设此四镇作为军事据点的目的是，作为南京的保护屏障。如果李自成在河北，则各镇合力协防淮徐；若李自成在河南，则各镇协守泗凤两县；若李自成在河北、河南并犯，则各镇严兵固守。
一句话，马士英作首辅的弘光政权认为威胁自身存在的力量来自农民军。因此，将军事战略重点放到了扑灭农民军的中兴大业之中。
弘光皇帝从登基以后，大兴土木，修建兴宁宫，建慈禧殿。终日沉湎酒色，以演杂剧，饮火酒，淫幼女为乐。对于国事一概不问，任凭马士英而为。
一六四四年七月初，吴三桂引清兵入关击败李自成的消息传到了南京，马士英立刻慌了手脚。因为，他从来都没有考虑过清兵的力量。现在清兵入关，自然破坏他心中的战略部署。
于是，马士英与阮大铖商量对策。
马士英说：“现在北京的情况，不知阮大人知道否？”
阮大铖说：“知道！”
马士英问：“阮大人认为目前该如何作为？”
阮大铖默想了一会，然后认真地说：“首要之举要让皇帝晋封吴三桂。”
马士英感到吃惊：“吴三桂引清兵入关，在国人眼里看来是引狼入室，而大明天子为何反而要晋封他呢？这岂不是置民意于不顾么？”
阮大铖说：“吴三桂引清兵入关是引狼入室这不假，但他却击败了李贼，从根本上扫除了大明的后患。至于是否合乎民意。这个可暂且不管！即使我们竭力地投民所好，那李贼会自动缴械么？”
马士英由衷地赞道：“阮大人说得有理！”
阮大铖说：“第二步便是乞求清兵不要南下攻打我们，承认我们政府的合法权利。”
马士英不解地问：“清朝对我们大明虎视眈眈数十年，现在进了关，其野心岂能自灭。听说多尔衮在北京扬言‘且天下者，非一人之天下’。这话是什么意思？还不是想入主中原！现在阮大人却叫我们去乞求清兵，岂不是与虎谋皮么？”
阮大铖说：“非也。我们有句话是‘伸手不打笑脸人’。我们好端端地求和，那清兵虽然野蛮，却也不好意思作难我们。再说，我大明这么大，就让他们吃，他们也未必吃得下。”
马士英听了，觉得有理，便去找皇帝。皇帝正在饮酒作乐，不肯见他，说有什么事要他看着办就得了。但马士英觉得事关重大，自己不敢擅自作主，非得见皇帝不可。弘光帝无法，只得别了群臣，懒懒散散地出来了。
弘光帝说：“马爱卿见驾有何要事？快快道来。”
马士英说：“吴三桂引清兵入关，击败了贼寇李自成。”马士英说后便观察他的态度。
弘光帝说：“这倒是值得庆贺的事！”
马士英见弘光帝并没有意识到这其中的威胁，只得点拨他，“现在清兵入关，对我大明构成威胁，不知皇上有何旨意？”
弘光帝一听，吓得身体瑟瑟发抖，结结巴巴地说：“我能有什么旨意呢？”
马士英心里觉得好笑，说：“若能拉拢吴三桂，我们与清兵抗衡之时，就不会显得力量单薄了。”
弘光帝说：“可是，吴三桂是汉奸，我们怎去拉拢？再说我们去拉拢他，他未必会肯！”
马士英暗叹，皇帝还没有糊涂透顶。马士英说：“吴三桂现在成了没娘的鬼，而皇上您是大明天子，你给他一个封号，他未必就不想接受。”
弘光帝想了想说：“那你说给他一个什么封号呢？”
马士英心想：“什么封号都可以，反正他又不可能跑到南京来。”他说：“臣看皇上就晋封吴三桂为蓟国公吧！”
弘光帝说：“就依马爱卿之意吧！”然后，他像突然想起了什么似的，又对马士英说：“仅仅封他个空号也不好，我看还得给他十万石米，也表表朕的心意。”
马士英心里骂道：好个大方的皇帝！你一开口就是十万，现在兵荒马乱的，我到哪调拢十万石粮食给他吴三桂？但他嘴里却说：“臣遵旨。”
弘光帝见事办完，就要起身离去。
马士英心里一惊，自己差点忘了大事。于是立刻对弘光帝说：“臣还有一件大事要奏请皇上。”
弘光帝心想，这马老头怎如此啰嗦？什么事你都给办了不就得了，不然要你这个首辅干什么？弘光帝不耐烦地说：“马爱卿有事快奏上来。”他的心里还在记挂着那群风骚迷人的姬妾。
马士英说：“现在我朝兵力全都部署去对付李贼了，倘若清兵南犯，我朝如何应付？请皇上明示。”
弘光帝吓得一呆，战战兢兢地说：“若清兵南犯我朝，你道如何是好？”
马士英心里好笑，我本要问你，你倒反问起我来了。马士英说：“臣以为，对于清兵，只可交，不可战，因为我们的力量要用来对付李贼。”
弘光帝问：“我们的兵力既可对付李贼，为何却不能对付清兵？”
马士英说：“李贼毁我大明社稷，逼死崇祯帝，我朝与他仇深似海不共戴天。因此，我们的兵力自然要用来对付李贼了。”
弘光帝问：“可是清兵入关，也未必不想灭我明朝啊？”
马士英说：“皇上英明。然臣以为：李贼，内贼也；清兵，外贼也。内贼对于外贼而言，对我们危害更大些。所以臣主张结清兵而抗李贼！”
弘光帝想了想，说：“马爱卿言之有理，就依你言去办吧！”
马士英说：“可是，皇上，俗话说‘空手不进门’，我们跑到北京去求和，怎好空手去呢？”
弘光帝问：“那依马爱卿之意，应该如何？”
马士英说：“臣以为须派一使臣前去，携带黄金一千两，白银十万两。”
弘光帝摇摇头说：“这样未免使我大明被那清妖小看！你告诉那使臣，若清兵不答应，可发纳白银十万两，还可以割地给他。”
马士英一听，倒抽一口凉气，但事已至此，却无法更改。于是他向皇上辞别，走出宫来安排事项。
马士英回到府上之后，为派谁去做这个使节伤痛了脑筋。因为在他看来：携这么多黄金白银前去北京，事情成与不成都无所谓，但如果丢掉了金银便实在可惜。
思前想后，他觉得派自己的心腹前去还是好些。他把自己的世侄马虎叫来，然后将一切事宜招呼妥切。
弘光政府的侍郎左懋弟、都督陈洪范、马大人世侄马虎携金带银，率领使节团前去北京了。只是弘光帝让马士英捎给吴三桂十万石粮，马士英嫌麻烦，就不让带了。