4月28日起，从台湾基地起飞的国民党B-24和B-25轰炸机每隔几天就要光顾南京一次。当时在南京的《纽约时报》记者西默·托平回忆，“它们像黑色的大秃鹰在聚集在南京市发电厂、供水厂、铁路吊车厂和各种库房的滨水区上空盘旋。”轰炸机的飞行高度相当低，因为当时共产党除射程有限的50口径机枪外，便没有其他任何防空武器。
可是，“很多本该对准电动轮渡船和江边工厂投掷的炸弹，却偏偏落入了江水中。”后来担任《纽约时报》总编辑的西默·托平在回忆录《在新旧中国间穿行》中写道，“看来很大程度上，飞行员是有意尽力避免轰炸自己的同胞的。”在头几次空袭中，南京几乎没受到任何损失。
风向总的来说都利于新政权。在南京，刚刚主政的共产党赢得了知识分子的支持。4月24日黎明，熬了一个通宵将“共产党占领总统府”新闻发回美国的西默·托平赶到南京城西北门，他看到涌上街头的青年学生们在路旁欢迎解放军进城，一些学生爬上大卡车的顶部高呼口号，向军队致意。三个星期前，6000名学生曾以这样的方式聚集，不过是向国民政府示威，要求政府和共产党进行和平谈判。现在，学生们以极大的热情欢迎共产党政权的建立。他们在军队的护送下到长江边去加固河堤，以防春讯。刘伯承为代表的南京军管会聪明地把两个阶层结合到了一起，这延续了共产党在农村工作的丰富经验。金陵大学农学院的学生们生平第一次参与了农村的生活实践，加拿大外交官切斯特·郎宁在南京城郊的农村碰到的农民激动不已地向他展示刚刚领到的新农具，并告诉他农民们参加了新组织的委员会，城里的学生们经常来看他们，给他们提供化肥，并取去了土壤样品。
以前农民进城顶多是贩卖田里的农作物，1949年5月，南京72个村的农民则高举写着各自村庄名字的白色横幅和红旗气宇轩昂地在南京城的大路上游行。他们跟上街组成“演讲队”向市民宣传“新民主”的学生们一起高唱共产主义歌曲，一些学生加入了农民的游行队伍，和他们一起扭秧歌。郎宁后来以观察者的角度在自己的回忆录中记录了这让他感到新鲜的景象，他说：“农民进城我虽常见，却没见过农民上街庆祝游行，大家还给让道。”“各个阶层参与，这是南京解放后新政权让这个城市释放出巨大能量的关键。”
共产党的目的是要把南京从“消费城市”变成“生产城市”。沈阳的经验已经很清楚了，共产党用不着在南京消灭资产阶级。刘伯承说，在新民主主义阶段，共产党需要集中力量，通过促进私营和公共企业，达到发展生产的目的。在积累资本的同时也要注意发展生产力。
南京军管会下设1个秘书处和8个局来管理市政。这8个局分管供应、外交事务、不动产监控、金融及经济事务、军事接管、政治接管、文化接管以及公共治安。这些部门中的多数职员都是对新政权有好感的原国民政府雇员。工厂、市政府办公室里，共产党开设“再教育班”或组织“学习小组”，学习讨论毛泽东思想。外国记者们得到允许观摩一次南京发电厂机关工作人员学习会，一名工会代表在会上介绍老“解放区”的学习小组怎样开展活动。这种学习会在1949年末开始越来越频繁。