南宋书院的勃兴与理学的发展有密切关系。南宋理学学派林立，流派繁多，除以朱熹为代表的程朱学派(也称闽学，或称考亭学派)之外，还有以陆九渊为代表的象山学派，以吕祖谦为代表的浙东金华学派(也称婺学)和以张栻为代表的湖湘学派。此外，以陈亮为代表的永康学派和以叶适为代表的永嘉学派(合称为事功学派)对南宋书院的勃兴也有相当大的影响。
在朱熹将理学推向成熟阶段的同时，陆九渊独树一帜，别开门户，创象山学派，形成朱陆对峙之势。
陆九渊和象山学派同样热衷于书院讲学，对南宋书院的勃兴产生了重大影响。
陆九渊幼年读书于家塾，10岁以后随兄读书于抚州州学和金溪疏山寺。乾道八年(公元1172年)春试得中进士。归故里，建书斋读书，继而建槐堂讲学。杨简、桂德辉、傅梦泉、刘伯文、刘伯协、周伯熊、陈刚、彭兴宗、朱桴、朱泰卿等都来就学。陆九渊教学，先教人辨志、辨义利，令人求放心，不以言语文字为意。多年后，地方官员在金溪县陆九渊讲学处建槐堂书院。
淳熙八年(公元1181年)曾应朱熹之邀，在白鹿洞书院讲“喻义、喻利”章。淳熙十年，在孝宗召见时，公然批评朝廷“临御二十余年……版图未归，仇耻未复”。贬谪至台州主管崇道观。学者四方云集，乡曲长老也俯首听讲，徙寺观讲论，环而听者二三百人，槐堂至不能容。遂登贵溪应天山，建象山精舍讲学。
据记载：陆九渊在应天山讲学，每旦精舍鸣鼓，则乘山荞〔jiao交〕至讲堂，从学者各以小牌，写上自己的姓名、年甲，顺序进谒，约数百人，皆齐肃无敢喧哗、交头接耳者。“首诲以收敛精神，涵养德性，虚心听讲”，很像现代的组织教学。其讲经书，每启发人之本心，间又举经语为之论证，闻者莫不感动。初见者或欲质疑，或欲致辩，或以学自负，或立崖岸自高者，闻诲之后，多自屈服，不敢复发。其有欲言而不能自达者，则代为之说，宛如其所欲言，及从而开发之。至有片言半辞可取，必奖进之。诸生皆感激振奋。
象山精舍，不先建斋舍，不提供饮食，不立学规，全凭精神感化。居山间讲学，前后五年，著录听讲者逾数千人。陆九渊象山精舍讲学，强调以“明理”、“立心”、“做人”为本，与朱熹所主张的书院教育有着显明的区别。象山精舍或称象山书院成为南宋最具特色颇有影响的书院之一，是陆九渊象山学派的发源地和学术中心。
在中国学术史上产生重要影响的鹅湖之会是经吕祖谦周旋安排的一次朱陆学术论辩的集会，为纪念鹅湖之会而创建的鹅湖书院也成为南宋闻名的书院。
鹅湖之会是于淳熙二年(公元1175年)吕祖谦邀陆九龄、陆九渊兄弟与朱熹相会于信州铅山之鹅湖寺，中心论题是“为学之道”，“论及教人”。据《象山年谱》记载：“鹅湖之会，论及教人。元晦之意，欲令人泛观博览而后归之约；二陆之意，欲先发明人之本心而后使之博览。朱以陆之教人为太简，陆以朱之教人为支离，此颇不合。先生(陆九渊)更欲与元晦辩，以为尧舜之前何书可读？复斋(陆九龄)止之。”
理学后学为纪念“朱陆之会”，于鹅湖寺建四贤堂(祠)，祀朱、吕和二陆。淳祐十年(公元1250年)江东提刑蔡抗于寺旁建书院，理宗赐名“文宗”。鹅湖之会的意义在于理学各派学术论争的历史价值，对书院教学提倡学术论争有良好的影响。鹅湖书院实际上成为书院与理学论辩有密切关系的一个象征。
陆九渊门人弟子众多，有不少人创建书院讲学。
陆九渊在槐堂、象山精舍讲学，江西弟子甚众，建书院讲学者很多，在江西形成一个重要的陆学研究和传播中心。
傅梦泉，为陆九渊的得意弟子，在《宋元学案·槐堂诸儒学案》中名列第一。陆九渊赞誉他“人品甚高”。淳熙二年(公元1175年)登进士第，教授澧州、衡州，曾修石鼓书院，主讲其中，士人从之学者甚众。陈傅良曾与之讲论，也深为佩服。知宁都，曾于城市之南讲学，以从学者日众而构室居之，号曾潭讲堂。朱熹、张栻都曾与他有过学术交往，虽学旨有异，但都予以很高的评价。
邹斌，初从学于陆九龄弟子李德章，后从陆九渊学。朱陆鹅湖之会时，曾随陆前往与会。袁甫建象山书院，拟聘请他主持教事，因年老病辞。所居号南堂，藏书万卷，弟子甚众。
晁百淡，从学陆九渊，登淳熙二年进士，授吉州教授。后知南康军，曾到白鹿洞书院拜谒，入仕40年，家无余财，家居聚徒讲学，在临川铜鼓山建有碧润书院。
董德修，先入象山之门，隐居力学，终日静坐，潜心理学。后从之学者日众，在其居处流坑建心斋书院。
吴绍古，曾从陆九渊学于应天山，结庐而居，建草庐于濯缨，陆九渊曾亲书“濯缨”斋名相赠。家居饶州安仁(今江西鹰潭市余江县)，其讲学处为玉真书院，位玉真山麓。
陆九渊在槐堂、象山讲学先后数十年，弟子数千人。“然其学脉流传，偏于浙东。”朱熹也曾说过：“浙东学者，多子静门人，类能卓然自立，相见之次，便毅然有不可犯之色。”其势力之大，影响之广，超过江西陆学门人。最著名的有明州慈溪杨简、鄞县袁燮、奉化舒璘和定海沈焕四人。因甬江流经其地，故号称甬上四先生，或明州四先生，四明四先生。
杨简，乾道五年(公元1169年)进士，先为富阳主簿。陆九渊路过富阳时，夜集双明阁，曾以扇讼为例，说孰是孰非，非本心为何？杨简闻之，“忽觉此心清明澄然”，继而拱坐达旦，质明拜纳，遂称弟子。后曾应鄞县史氏之请，多次在碧沚书院讲学，甬上士子从游者如云。杨简曾筑室于慈溪德闰湖畔，更名慈湖，聚徒讲学，后人建慈湖书院以为纪念。杨简被誉为“陆氏之功臣”，特别在陆九渊逝世后，传播和发展陆学有重要贡献，“自象山既殁之后，而自得之学始大兴于慈湖。其初虽得于象山，而日用其力，超然独见，开明人心，大功于后学”(《絜斋集·赠傅正夫》)。
袁燮，号絜斋，少读史籍，乾道初入太学，曾受到陆九龄的教诲。与同里杨简、舒璘、沈焕同聚，朝夕切磋。曾学于吕祖谦，与陈傅良为友，后归宿于象山门下，主张“人生天地间，所以超然独贵于物者，以是心尔。心者，人之大本也”，“学贵自得，心明则本立”。他勉励后学主要强调“尊德性”，同时又要“实根本于学问”，又有朱学的味道。袁燮居家讲学之所建城南书院(又称絜斋书院)，曾与杨简、舒璘、沈焕联讲会，四方请益之士众多，盛况空前。嘉定初，袁燮任江西提举常平茶盐公事权知隆兴府(治南昌)，全力支持同门友人丰有俊创建东湖书院。
丰有俊也是陆九渊的弟子。他建议在隆兴府——原为宋初李寅所建涵虚阁旧址建东湖书院。建议指出：“古者学校既没，复有泽宫。今长沙之岳麓，衡阳之石鼓，星诸之白鹿，群居丽泽，服膺古训，皆足以佐学之不及。此邦今都会，而不能延四方之名流，讲诵磨切，殆非所以助成风教。请筑馆焉。”这个建议得到秘阁修撰江西转运使权兼隆兴府事的胡槻〔gui归〕的大力支持，决定“营栋宇”、“丛简编”，招罗俊贤。沿湖建屋34间，使之成为“门庭堂宇，宏丽崇深，庖湢器用，咸备无缺”的书院，又将东湖水利、水产和一部分公田收益归于书院，以供费用，并征集江南西路各军州图书充实其中。此时，袁燮继任知府之职，更全力支持，遂使书院建成，并奏请宁宗敕赐“东湖书院”额。东湖书院在袁燮、丰有俊主持下，继承和发展象山学派的学术思想，成为最有影响的陆学基地和研究中心。东湖书院和白鹿洞书院闻名各地，“处白鹿”、“游东湖”成为当时学者的一大时尚。
舒璘，曾问学于朱熹、吕祖谦和张栻，最后受业于陆九渊。其学重笃实力行，主张躬行愈力，德性愈明。长期任徽州教授。教学“不惮勤劳，日日诣讲，隆冬酷暑，未尝少怠。筑风雩〔yu于〕亭，以时会集，暮夜亦间往。日有讲究涵泳之功。质有顽钝不善者，循循善诱”，被誉为“天下第一教官”。其居家讲学的书堂称广平书院。王应麟在《广平书院记》中称：舒璘“之学始于张而成于陆，考德问业于朱、吕。心融神会，精智力践，其躬行有尚絅之实，其诲人有时雨之泽，沈(焕)、杨(简)、袁(燮))三先生道同志合，化东海之滨为洙泗，位不配德，而教行于乡，声闻于天下”。可见其学术地位和在书院发展方面的贡献和影响是很大的。
沈焕，在太学读书时，与杨简、袁燮、舒璘为好友，同师事陆九龄。在乡里与史浩友好，史浩在月湖竹湖为之建讲舍，称沈端善讲舍，或竹洲书院。与杨简、袁燮会讲年余。居家讲学之所建南山书院。
杨简、袁燮、舒璘、沈涣，在南宋中后期影响很大，对传播和弘扬陆学发挥了巨大作用，在浙东一带形成陆学研究的中心，浙东一带的书院多成为讲习陆学的基地。文天祥曾评价说：“广平(舒璘)之学，春风和平；定川(沈涣)之学，秋霜肃凝；瞻彼慈湖(杨简)，云间月澄；瞻彼絜斋(袁燮)，玉泽冰莹。一时师友，聚于东浙。呜呼，盛哉。”(《文山先生全集·指南录》)
谢山在《同谷三先生书院记》中称：“宋乾淳以后，学派分而为三，朱学也，吕学也，陆学也。三家同时，皆不甚合。朱学以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之。门庭径路虽别，要其归宿于圣人，则一也。”
这里讲的“吕学”就是指以吕祖谦为代表的理学学派。
“吕学”也被称作“婺学”，是因其形成于婺州而得名，婺州州治即浙江金华，故又称作“金华学派”。不过，“婺学”是就学派形成的地域特征而言的，不仅包含着以吕祖谦为代表的“吕学”，或“金华之学”，还包含着以陈亮为代表的“永康之学”和以叶适为代表“永嘉之学”。明代杨维桢在《宋文宪公集·序》中说：“余闻婺学在宋有三氏：东莱氏(吕祖谦)以性命绍道统，说斋氏(唐仲友)以经世立治术，龙川氏(陈亮)以皇王帝霸之略志事功。”全祖望在《宋元学案》也有相似的说法：“乾淳之际，婺学最盛。东莱兄弟(吕祖谦、吕祖俭)以性命之学起，同甫(陈亮)以事功之学起，而说斋则为经制之学。”
南宋理学就学派性质而言，实际分为两大学派，一方为身心性命之学，包括以朱熹为代表的理学和以陆九渊为代表的心学。一方为讲究经世致用、注重实事实学的事功学派。有的学者将吕祖谦的金华之学归入事功学派，这是因为金华之学被列入“婺学”。事实上，仅就吕祖谦而言，更倾向于身心性命之学，“以性命绍道统”或“以性命之学起”。不过，吕祖谦与朱陆相比，更重经世致用，确也含有某些事功学派的学术特色，但非其学术主旨。在身心性命之学中，在朱陆两大学派之间，吕祖谦折中其间，“兼取其氏”，也更倾向于朱学，也颇受陆学影响。
吕祖谦学术思想的最大特色是兼容各家，博采众长，不名一师，不私一说，以儒为宗，兼通者家，多识前言往行，重视中原文献之统，由经入史，以史谈经。
无论如何，吕祖谦和他所代表的学派，在南宋颇有影响，也很有特色，这是学界所公认的。
吕祖谦生于公元1137年，卒于公元1181年，仅活了45岁，是一位英年早逝的学者。他一逝曾做过朝廷命官，但时间不长，大部分时间是在家中或书院讲学。
吕祖谦于隆兴元年(公元1163年)登进士第，时已27岁。乾道二年(公元1166年)其母病逝，护丧返里，在武义明招山建庐守墓，讲学读书。四方学子争相前来问学。乾道九年(公元1173年)又遇父丧，再次居明招山守墓。聚徒讲学。
吕祖谦讲学之所，称“丽泽”，时人遂以丽泽书院相称。
吕祖谦讲学于丽泽堂，学术特色突出，吸引四方学子，从学者甚众，影响之大，“称霸东南”。丽泽书院也成为南宋时期与朱熹复兴的白鹿洞书院、陆九渊创立的象山书院、张栻主持的岳麓书院并立的四大著名书院之一。
吕祖谦讲学于丽泽堂，十分重视书院制度化建设，对南宋书院制度的完善有重要贡献。他特别强调“学有规，行有矩”。他说：“学者必以规矩，大抵小而技艺，大而学问，须有一个准的、规模。射匠皆然，未有无准的、规模而能成就者”，“百工皆有规模，今之学者反无规模，始不知始，终不知终，不知成就亦不知不成就，此最为学者大病”。乾道四年(公元1168年)九月他为丽泽书院所订规约正体现了这一精神。
凡预此集者，以孝弟忠信为本，其不顺于父母，不友于兄弟，不睦于宗族，不诚于朋友，言行相反，文过遂非者，不在此位。既预集而或犯，同志者规之；规之不可，责之；责之不可，告于众而共勉之；终不悛者除其籍。
凡预此集者，闻善相告，闻过相警，患难相恤。游居必以齿相呼，不以文，不以爵，不以尔汝。
会讲之容，端而肃；群居之容，和而庄。(箕踞、跛倚、喧哗、拥并，谓之不肃，狎侮、戏谑，谓之不庄。)
旧所从师，岁时往来，道路相遇，无废旧礼。
毋得品藻长上优劣，訾毁外人文字。
郡邑政事，乡间人物，称善不称恶。
毋得干谒、投献、请托。
毋得互相品题，高自标置，妄分清浊。
语，毋亵、毋谀、毋妄、毋杂。(妄语，非特以虚为实，如：期约不信，出言不情，增加张大之类皆是。杂语，凡无益之谈皆是。)
毋狎非类。(亲戚故旧或非士类，情礼自不可废，但不当狎昵。)
毋亲鄙事。(如：赌博、斗殴、蹴踘〔ju居〕、笼养朴淳、酣饮酒肆、赴试代笔或自投两副卷、阅非僻文字之类，其余自可类推。)
(《吕东莱文集》，商务印书馆《丛书集成》本)
这个学规内容丰富而具体，从治学为人，待人接物，处事应世，都有明确规定及严格的标准。提倡自律，也鼓励师友相互督促监督。有赏也有罚。包含了书院教育和管理方面的主要内容和基本要求，也体现吕祖谦教育思想的基本精神和主要特色。
这个学规订于乾道四年(公元1168年)，朱熹亲订的《白鹿洞书院揭示》订于淳熙七年(公元1180年)。丽泽书院学规比白鹿洞书院教规早了12年。两相比较，不难发现丽泽书院学规对白鹿洞书院教规的影响。也不难看出吕祖谦在南宋书院制度化建设方面所起的作用和做出的贡献。
乾道五年(公元1169年)吕祖谦又对学规进行修订，变成不仅适用于书院，而且也可适用于一般官学的学规。也有人说，吕祖谦于乾道五年专为严州府学订立了学规。
凡与此学者，以讲求经旨、明理躬行为本。
肄业当有常，日记所习于簿，多寡随意。如遇有干辍业，亦书于簿，一岁无过百日，过百日者，同志共摈之。
凡有所疑，专置册记录。 同志异时相会，各出所习及所疑，互相商榷，仍手书名于册后。
怠惰苟且，虽漫应课程而全疏略无叙者，同志共摈之。
不修士检，乡论不齿者，同志共摈之。
同志迁居，移书相报。(《吕东莱文集》，商务印书馆《丛书集成》本)
乾道五年规约较乾道四年规约更简略，但为学宗旨更明确，更加突出了师友同志间相互督促的作用。
吕祖谦讲学的一大特色是主张兼容并包，不持门户之见，“公平观理而撤户牖之小”，各学派之间相互取长补短，他的门人弟子继承这一传统。在南宋末期，朱陆后学学派之争愈演愈烈，发展成强烈的宗派情绪，诋毁对方，贬低他人，标榜自己。作为吕祖谦后学的丽泽弟子，仍坚持“心平气和不立崖异”，是很可贵的，也为后世“和会朱陆”奠定了基础，作出了自己的贡献。吕祖谦和丽泽书院在南宋书院发展历程中的独特地位和价值，也正在于此。
湖湘学派是南宋时期理学的一个重要学派，由胡安国、胡宏父子始创于南宋初年，至南宋中期的张栻，发展成相当成熟的一大学派，成为同朱熹的闽学(或称考亭学派)、陆九渊的象山学派、吕祖谦的婺学学派并立的四大理学学派之一。
湖湘学派的产生是奠基于北宋的理学南传的结果。其学术渊源乃上承二程之学。据南宋晚期理学家真德秀的说法，是：
二程之学，龟山(杨时)得之而南，传之豫章罗氏(罗从彦)，罗氏传之延平李氏(李侗)，李氏传之考亭朱氏(朱熹)，此一派也。上蔡(谢良佐)传之武夷胡氏(胡安国)，胡氏传其子五峰(胡宏)，五峰传之南轩张氏(张栻)，此又一派也。(《真文忠公读书记》卷三十一)
就是说，湖湘学派的主要代表人物是胡安国、胡宏父子和张栻。
湖湘学派的形成、发展和传播与南宋书院的发展和勃兴有着密切的关系。湖湘学派的诞生地和研究、传播的中心在湖湘一带，湖湘一带的书院也以研究和传播湖湘学派的学术教育思想为主要内容和基本特色。
南宋建炎(公元1127—1130年)年间，胡氏父子因避战乱离荆门抵湖南，至湘潭西南衡岳一带，见此地环境十分幽美，“苍然群木之下，翠绿澄净，藻荇〔xing性〕交映，俗以其色故号为‘碧泉’。登山四顾，乃洞庭之南，潇湘之西，望于衡山，百里而近，盖太古夷荒未辟之墟”。遂决定在此定居，以潜心研究，授徒讲学。于是与同行弟子一起动手，“夷榛莽，植松竹，山有为樵牧所残者养之，流有为蒿壤所壅者疏之，岩石之为草木所湮没者辟之”(《胡宏集·有本亭记》，中华书局1987年版)，白手起家，自己动手，边讲学，边营造，终于建成“书堂”一所。胡安国的长子胡寅在《先公行状》中记述说：“渡南江而西，休于衡岳，买山结庐，名曰‘书堂’。”当时的人们称之为碧泉书堂，也有人统称为“精舍”、“讲舍”。开始了讲学活动。据记载：门人谭知礼随往从学，“居其精舍之旁，尽扫前日气息”。又有一门人杨训，“在文定(胡安国)碧泉讲舍，求愈久而愈恭”。表明其教学颇有成效，门人弟子收获很大，进步显著。
但是，胡安国于绍兴八年(公元1138年)病逝于书堂内。其次子胡宏继承父业，在初创书堂的基础上，进一步扩充修建而成碧泉书院。胡宏亲自撰写过一篇《碧泉书院上梁文》，不仅表明碧泉书堂、精舍、讲舍已正式称作碧泉书院，更重要的是表达了碧泉书院明确的办学宗旨和基本特色。他提出：创办碧泉书院旨在“期圣奥以繙经，立壮图而观史，由源逢委，自叶穷根，明治乱之所由”，不追慕个人的富贵荣华。“贫者肯甘于藜藿 〔lihuo离或〕，来共箪瓢(像颜渊那样，居陋巷，以箪食，以瓢饮，而终不改其乐)”，期望“远邦朋至，近地风从”，师生互敬互爱，相观而善，共同努力，“袭稷下以纷芳，继杏坛而跄济”，实现“伊洛之业可振于无穷，洙泗之风一回于万古”。这也正是湖湘学派学术教育思想特点的体现。胡宏用四句话阐明了湖湘学派和碧泉书院的特色，“寻绎五典之精微，决绝三乘之流遁。穷理既资于讲习，辅仁式藉于友朋。”十分精当简明。
胡氏父子还创有文定书堂和道山书院(或称云峰书院)。
文定书堂，以胡安国的号命名，实为胡氏父子相继建成。绍兴初，胡安国“由湘潭碧泉徙南岳紫云峰下筑室居之”。胡宏又加修缮而完成，他还亲撰《文定书堂上梁文》一篇，可以证明。
道山书院，或称云峰书院，是胡宏在绍兴中期，建于宁乡道山。著名学者张栻此时就学于胡宏门下，并同主道山书院。有史料记载：“道山书院，在道山之阳，宋胡仁仲、张南轩筑。”又称：“道山书院，一名云峰书院，宋胡宏、张栻讲学之所。”
胡氏父子开创并发展了湖湘学派，也为南宋湖南地区的书院建设做出了积极贡献。
张栻(公元1133—1180年)从学于胡宏碧泉书院。据《先儒宣公张子年谱》称：“绍兴三十一年辛巳，先生二十九岁，……因谒拜胡五峰于碧泉书堂。五峰见之，知为大器，即告以所闻圣门近仁亲切之旨。”学成归长沙后，即着手创建书院讲学。先在长沙城南妙高峰下创建了城南书院。后于乾道元年(公元1165年)主讲岳麓书院，并使岳麓书院名震天下。
岳麓书院在北宋初已是著名的四大书院之一。绍兴元年(公元1131年)曾毁于战火。胡宏曾提议“兴复旧区，重赐院宇”，自愿充任山长，以“继述先人之志”，“表朝廷崇儒广教之美”。但未能如愿。
乾道元年(公元1165年)湖南安抚使刘珙〔gong巩〕修复岳麓书院，“书院建成，为屋五十楹，大抵悉还旧观。”张栻为之作记，并主持教学，先后达七年之久，使岳麓书院成为重要的理学研究和传播的基地。
张栻大力提倡岳麓书院应以“传道济民”为宗旨，反对“群居佚谈”，“缀缉文辞”，“规取利禄”，要求弟子“潜心孔孟”，首应“明义利之辨”。教学上提倡师生论辩，质疑问难，重视躬行践履，不务空谈虚论，学生自学为主，教师精心指导。
张栻在主讲岳麓书院时，创立了“会讲”的教学形式，对后世书院讲学影响极大。到了明代，书院“会讲”(或称“讲会”)成为主要的讲学形式。乾道三年(公元1167年)朱熹自福建武夷山来到湖南长沙，拜会张栻，并在岳麓书院共同讨论“《中庸》之义”。两位理学大师对“中和”之义理解不一。朱熹主张“于静中体认大本，未发明气象分明，即处事应物，自然中节”。因此，道德修养须在喜怒哀乐未发之时，去体验和涵养，然后即可在喜怒哀乐已发的处事应物中符合道德规范，即“先静后动”，“静中见动”。张栻则主张在喜怒哀乐已发的处事应物中先“察识”未发的大本，即“先动后静”，“动中见静”。这就是学术思想史上十分著名的朱张会讲。
朱熹在岳麓书院两个多月，同张栻深入探讨，竟至“三日夜而不能合”。讨论的范围十分广泛，除“中和”问题外，还有“太极”问题，“知行”问题。会讲中，意见分歧很大，双方都不轻易放弃己见，但又能相互尊重，虚心学习。事后，两人深感会讲收获极大。朱熹在赠别诗中称：“昔我抱冰炭，从君识乾坤。”张栻也认为，“既见朱熹，相与博约，又大进焉”。在两人辩论之余，张栻还请朱熹在城南和岳麓书院讲学，“每语学者观《孟子》道性善及求放心两章。务收敛凝定，以致克己求仁之功。”据说湖湘弟子远道来听讲者甚多，至使岳麓书院门前，车水马龙，盛况空前，“学徒千余，舆马之众至饮池水立竭，一时有潇湘洙泗之目焉。”开创了邀请不同学派学者到书院讲学的风尚。