我国古代对于传染性疾疫的流行，很早就有了一定的认识。《素问·刺法论》指出：“五疫之至，皆相染习，无问大小，病状相似。”古代是把传染病都包括在“伤寒”这个总病名之中。《素问·热病论》说：“今夫热病者，皆伤寒之类也。”出土的汉简记有“伤寒四物(乌喙、细辛、术、桂)汤”和“治伤寒逐病方”。张仲景的《伤寒杂病论》专门总结了伤寒病(包括各种急性传染病在内)的起始和发展过程以及一系列辨证施治的理论，可以看成是有关传染病的专著。隋代巢元方开始对病源进行新的探索，他在《诸病源候论·瘟病候》中，明确地认为某些传染病，是由外界有害因素(当时他称之为“乖戾之气”)所引起的。明代吴有性发展了这一精辟的见解。
吴有性，字又可，生于16世纪80年代，江苏吴县人。在吴有性生活时期，瘟疫流行频繁。据《明史》记载，从永乐六年(公元1408年)至崇祯十六年(公元1643年)就发生大瘟疫19次。公元1641年所暴发的大瘟疫，流行遍及河北、山东、江苏和浙江等广大的地域，瘟疫的流行和蔓延，迫使人们必须深入调查研究，以便寻求更有效的治病措施。吴有性通过认真细致的考察研究，于公元1642年完成了《瘟疫论》一书，并提出了戾气说。他认为疫病是由“戾气”引起的，《瘟疫论·序》中说：“夫瘟病之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气(戾气)所感。”这里特别指出“戾气”是存在于自然界中的一种特别的物质。吴有性认为这种戾气可以通过口鼻传染人体。但是否致病，则要看戾气的毒力和人自身的抵抗力。有的年份疫气盛行，患病就重，而且“最能传染”。有的年份，疫气衰少，患者就不多，且不会传染人。这种戾气，不仅会使人体得病，而且也会使动物得病，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟等。但是“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病”。可见吴有性已知道，不同种类的动物的瘟疫是由不同的戾气所引起的。他说：“为病种种，是知气之不一也”，“盖当其时，适有某气传入某脏腑经络，专发为某病”。发斑、痘疹之类疾病，在此以前的中医理论，都把它归结为心火所引起的，而吴有性则指出“实非火也，亦杂气(戾气)之所为耳”，即认为痘疹、疔疮和外科化脓感染等也都是由于戾气感染所引起的。由上所述，可以看出，所谓“戾气”就是呼之欲出的病原微生物。在当时没有显微镜的情况下，能达到这样科学的见解，的确令人钦佩。从这以后又过了大约200年，西方学者借助于显微镜，才真正发现并看到了病原微生物。